samtools sort

作者: 超级无敌大蜗牛 | 来源:发表于2020-02-23 15:31 被阅读0次

samtools sort
BAM文件转换成fastq
samtools软件从bam文件提取序列
samtools markdup 与sambamba markd
bwa+samtools，ERR： couldn't alloc
samtools sort & index
samtools sort帮助文档
samtools sort Failed to open fil
为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小
WGS实战分析（四）----Shutdown in progre

sort 按照默认参数，进行htseq-count统计reads数的时候会报错：

image.png

看了 htseq-count的参数后发现htseq-count默认是经name sorted的文件，而samtools -sort的时候默认参数是按照position，所以出现报错很正常。
我拿按照-name sorted过的bam文件去做htseq-count的时候虽然没有报错啦，但是建index的时候出错，如下图

image.png

三脸懵逼中，还是不是很明白。

不管报错，继续跑完程序，发现按照name sort和按照position sort，统计出来的read counts 差了近一倍。

image.png

找到了类似的报错：Samtools sorting and indexing

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