本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。
首先，拿到所需要参考基因的蛋白质序列，然后将序列导入jalview，进行比对，如图（刚把序列放进去的时候，alignment可能是灰色的，稍安勿躁，软件可能需要反应一会儿）。
然后结果出来之后，选save as，将文本保存为如下模式
再随后将stk文件改为sto文件，并将该文件拖入hmmer文件夹下，即
然后我们打开命令提示符，输入以下，即可得到hmm文件，即建模。
然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的蛋白序列中进行比对，如图
然后就可以得到所需要的序列咯
完美，睡觉了，jalview需要在java环境下运行~
本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。 首先，拿到所需要参考基因的蛋白质序列，然后将序列导入jalvi...
首先，利用已有的基因号，植物的话上https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal....
一、序 目前对蛋白基因家族进行分析主要有两种方法，一基于同源性，二基于HMM模型。 想要通过HMM模型预测蛋白基因...
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在基因家族分析中，通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步，最近发现pfam...
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基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） 基因家族流程：基因家族分析（三） ======...
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写在前面 很久很久以前，各种原因，我写过一个帖子，《零基础-完全重现某个基因家族分析文章（的分析部分）》 http...
本文标题：利用HMM，jalview找基因家族
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/achadqtx.html
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