本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况。
首先,拿到所需要参考基因的蛋白质序列,然后将序列导入jalview,进行比对,如图(刚把序列放进去的时候,alignment可能是灰色的,稍安勿躁,软件可能需要反应一会儿)。

然后结果出来之后,选save as,将文本保存为如下模式

再随后将stk文件改为sto文件,并将该文件拖入hmmer文件夹下,即

然后我们打开命令提示符,输入以下,即可得到hmm文件,即建模。

然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的蛋白序列中进行比对,如图

然后就可以得到所需要的序列咯

完美,睡觉了,jalview需要在java环境下运行~
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