从pfam数据库下载某个基因家族的HMM模型

一、序

目前对蛋白基因家族进行分析主要有两种方法，一基于同源性，二基于HMM模型。

想要通过HMM模型预测蛋白基因家族，首先得需要HMM模型数据。HMM模型可以从Pfam数据库通过Pfam号下载，那么怎么找到自己要分析的基因家族Pfam号呢？
两种方法：

1. 从基因家族分析文献中获取
2. 通过蛋白基因名称在pfam中搜索

二、Pfam号查找

一、从基因家族分析文献中获取，就不多说了，文献材料与方法中都会给出。
可根据Pfam号直接在Pfam数据库（http://pfam.xfam.org） 中下载HMM模型。

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二、在pfam中通过关键词搜索
首先进入Pfam数据库（http://pfam.xfam.org） ，有两个地方都可以进行关键词搜索（实际上都一样）。
第一个位置

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输入关键词搜索
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搜索结果
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PF开头的编号就是Pfam号
第二个位置
大写的search，不注意还真看不出来。
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同样的，通过输入关键词进行搜索结果都是一样的。
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三、HMM模型下载

选择自己感兴趣的Pfam号，点击Pfam号进行详细页面。

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找到HMM模型下载地址直接下载即可。

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至此，得到HMM模型就可以使用HMMsearch软件搜索蛋白基因家族了。

注：图片来自http://pfam.xfam.org网站截图，如有侵权将删除。