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统计单拷贝直系同源基因频率

统计单拷贝直系同源基因频率

作者: 小黑采蘑菇 | 来源:发表于2024-01-18 14:13 被阅读0次

    在进行单拷贝直系同源基因构建系统发育树之前,我们会将一些出现频率比较低的单拷贝直系同源基因过滤掉,这就需要先统计频率了,这个脚本使用find函数进行统计。

    #!/bin/bash
    for i in $(cat $1); do
      find ./*/single_copy_busco_sequences -type f -name "${i}.faa" -exec echo -n . \; | wc -c | awk -v gene="$i" '{print gene, $1}' >> genespe.txt;
    done
    

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