合并单拷贝直系同源基因

作者: 小黑采蘑菇 | 来源:发表于2024-01-18 13:42 被阅读0次

Othofinder结果（二）
关于基因家族分析流程的备忘
Orthofinder 2.3
Orthofinder运行结果文件解读
『比较基因组学』直系同源基因寻找和基因家族扩张收缩分析
单拷贝直系同源基因构建物种进化树
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基因家族扩增与收缩分析
mysql数据库安装及OrthoMCL使用
2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树

当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后，需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中，因此，写下了这个代码，其中gene_list.txt是所有的基因前缀，list.txt是每个物种文件夹的名称。其中的文件夹具体路径还可以

for i in $(cat gene_list.txt);do
    for j in $(cat list.txt);do
        if [ -f ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa ];then
            echo ">${j}" >> ./2all/${i}.fasta;
            grep -v ">" ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa >> ./2all/${i}.fasta;
        else
            echo "There is no ${j}/${i}.faa!";
        fi
    done
done

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2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树
背景 orthfinder和直系同源基因介绍生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程[https:/...