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合并单拷贝直系同源基因

合并单拷贝直系同源基因

作者: 小黑采蘑菇 | 来源:发表于2024-01-18 13:42 被阅读0次

    当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后,需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中,因此,写下了这个代码,其中gene_list.txt是所有的基因前缀,list.txt是每个物种文件夹的名称。其中的文件夹具体路径还可以

    for i in $(cat gene_list.txt);do
        for j in $(cat list.txt);do
            if [ -f ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa ];then
                echo ">${j}" >> ./2all/${i}.fasta;
                grep -v ">" ./${j}/single_copy_busco_sequences/${i}.faa >> ./2all/${i}.fasta;
            else
                echo "There is no ${j}/${i}.faa!";
            fi
        done
    done
    

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