CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。CytoTRACE 被开发用于在没有任何先验信息的情况下预测 scRNA-seq 数据中的分化状态。按照我的经验，这个包在预测细胞干性方面还挺好用的，基本上在肿瘤和非肿瘤里都比较准确！可以说是比pyVELO简单多了，有兴趣的朋友可以试一试。
话说cytoTRACE的使用非常简单，但是正确安装需要两个python包，numpy和scanoramaCT，其中numpy很好安装啦，随便一装就OK了，conda或者pip都行，scanoramaCT在我安装的过程中却失败了很多次，在必应搜索这个包是搜索不到有用的信息的！大部分教CytoTRACE 使用的教程只会告诉你需要安装，却不说安装不上怎么办！难道他们都没有遇到这个问题？scanoramaCT涉及到iCytoTRACE这个函数（跨多个 scRNA-seq 批次/数据集运行CytoTRACE 的功能），如果你只在一个数据集里使用，这个依赖包不装是没问题的！
但是本人有强迫症，安装不上不舒服！而且说不定哪天就有跨数据集的需求，折腾了好几次之后终于搞定了。接下来就是全网唯一的教scanoramaCT依赖包正确的安装姿势！
一定要使用python3.10版本，亲测3.6-3.8版本都会出现安装问题，conda使用python3.10环境就没问题了！具体原因就不深究了，对原理和算法不太懂，python版本问题也是一知半解，只会用用维持一下生活这样子的。有其他单细胞方面的问题也可以留言！
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