根据汉明距离拆barcode

写一个脚本，完成以下任务：
有一个文本文件A如下：barcode.fa，其中包含了若干长度8bp至11bp的DNA序列。

>bc1_0
GTTTGTTT
>bc1_1
ACCGTGTTT
>bc1_2
GATAGTGTTT
>bc1_3
TGAGGCGGTTT
>bc1_4
GATCGTTT
>bc1_5
ATCACGTTT
>bc1_6
GATGTAGTTT
>bc1_7
TGACACAGTTT
>bc1_8
CTTTCTTT
>bc1_9
AGCCTCTTT
>bc1_10
GACGGGCTTT

另有一个fastq文件B，fastq文件不做介绍了。
要求对此fastq文件进行处理，输出满足以下条件的序列：
1）序列的前8bp-11bp与前述文本文件A中的DNA序列hamming distance不大于2；
2）能够唯一匹配到文本文件A中的某一条DNA序列
（例如，如果fastq中某条序列的前8bp-11bp在文本文件中没有完全匹配的DNA序列，而在A文件中有两条或以上的DNA序列的hamming distance为1，则抛弃该序列）。
注意：
主要是在没有0的情况下，多于1个barcode的hamming distance等于1，或者在没有0和1的情况下，多于一个barcode的hamming distance等于2，都是不应该输出的。
有多个barcode跟同一个read的hamming distance都在2以内，这个也分很多种情况，比如，没有barcode的distance是0，但是又1个barcode的distance 是1，n(n>1)个barcode的distance是2，这个时候最小的distance是1，且只跟1个barcode有这个最小值，那么就应该输出。另一个例子，如果没有barcode的distance是0，有2个barcode的distance是1，那就不该输出。

计算hamming 距离
汉明距离是使用在数据传输差错控制编码里面的，汉明距离是一个概念，它表示两个（相同长度）字对应位不同的数量，我们以d（x,y）表示两个字x,y之间的汉明距离。对两个字符串进行异或运算，并统计结果为1的个数，那么这个数就是汉明距离。from 维基百科https://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%B1%89%E6%98%8E%E8%B7%9D%E7%A6%BB
直接上代码：

import gzip
from Bio import SeqIO
import itertools
# 定义函数计算hanming distance。
def hamming(str1, str2):
  return sum(itertools.imap(str.__ne__, str1, str2))
# 处理fasta文件，将id与seq存储为dict
def deal_dna_file(a,):
    dna_dict = {}
    for record in SeqIO.parse(a,"fasta"):
        dna_dict[record.id] = record.seq
    return dna_dict

A_DNA_file = sys.argv[1]
B_fastq_file = gzip.open(sys.argv[2],"r")

# B_fastq_file = open(sys.argv[2],"r")
dna_dict = deal_dna_file(A_DNA_file)
# print dna_dict
# 遍历fastq文件去处理每行序列
for record in SeqIO.parse(B_fastq_file, "fastq"):
    a = 0
    b = 0
    # 遍历dict，去判断hamming距离，分0,1,2三种情况，记录距离为1，和2的次数，根据次数去判断。
    for k,v in dna_dict.items():
        if a >1:
            break
        if hamming(v,record.seq[:len(v)]) == 0:
            print record.seq
        elif hamming(v,record.seq[:len(v)]) == 1:
            a +=1
        elif hamming(v,record.seq[:len(v)]) ==2:
            b +=1
    print a,b
    if a == 1 and b > 1: # one barcode distance is 1 and more than one barcode distance are 2
        print record.seq
    if a == 1 and b == 0: # only barcode distance is 1. 
        print record.seq
    if a == 0 and b == 1: # only barcode distance are 2.
        print record.seq

这样就符合要求了，有bug请反馈。
生信学习者练习题；