按比例合并两个fastq

按比例合并两个fastq

代码：https://github.com/levinyi/work/blob/master/script/merge_two_fastq/mix_two_fastq_together.py
使用场景：

introduction：

闲来无事，想讲两个物种的fastq按照不同比列合并在一起，再去比对，看比对率如何。

需求：

按比例将fastq，按一定数据量随机混合。需要设定一个比列：10:90，需要设定一个总数据量（总共产生多少条reads）

方法：

fastq1 + fastq2
根据设定的模拟总量和比列，先随机出reads序列的位置，和数量。并取出来合并即可。
比如：需要混合成500条，按照10:90的比例，则需要50条fastq1，和90条fastq2，那么就从fastq1中的总reads数中随机挑选出50条，如果不够则可以重复某条read，同理

用法：

python  mix_two_fastq_together.py -a CL100000999_L02_1_1.fq.gz  -b CL100000100_L02_5_1.fq.gz  -c 10:90   -d   5000000   -o CL100000444_L02_1_1.fq.gz

说明：

脚本用到了python的biopython包去读取fastq格式文件。
脚本用到了python的threading多线程去处理fastq，节省了读取两个fastq的时间。
脚本用到了python 的argparse管理参数。

更新：

20180529：修改了多线程写入时逻辑，避免了写入时的乱码。

---

任何细节都可在评论区留言。

有生之年，会持续更新。