西晋朝廷权力长期斗争，民族矛盾激化，最后后南渡，建立东晋，偏安江左，南北分治。东晋之后，南方出现的政权为“南朝”。
南朝儒学：萎靡不振
南朝儒学大体与东晋相同，儒家学者承魏晋玄学余绪，玄学盛行，清谈成风。
南朝儒者长于文笔，重文辞，轻经术，故其学说经文多空虚浮华。
宋、齐、梁、陈南朝四代儒学分为两大阶段。
第一阶段宋、齐时期。从官方看儒学依然是诸学之首，担任官方意识形态的重要角色。
但玄、史、文学进行分割，诸学与儒学平分秋色，使儒学丧失独霸的地位，地位逐渐下降。
只是在南朝《礼》学却格外兴隆，大家辈出，著述繁富，远非他朝可比，说明儒学在政治混乱中重建社会秩序的功能犹在。
第二阶段梁陈时期。梁武帝公开宣布儒、道、释三教并行，在梁武帝扶持下儒学有短暂的辉煌。
但在南朝其他诸帝更是信仰佛教和道教，儒学一直处于衰微状态。
南朝儒佛融合
儒家学者虽然坚持“华夷之辩”及正统的原则排斥佛道二教，但佛道二教许多义理深入人心，最后还是三教合流、三教兼宗的趋势。
刘宋年间道士顾欢的《夷夏论》与僧人僧佑的《弘明集》都在阐述佛教传播的是道理不是风俗，且历史文化中的华夷不是固定不变的。
佛教在南朝获得极大发展，它不仅与儒家文化争夺信民众，寺院经济也急剧膨胀。
佛教的寺院经济膨胀损害了世俗地主阶级的经济利益，其神不灭论又满足了动荡时期世俗地主阶级的精神需求。
南朝相当长的时期， 佛儒理论冲突主要是围绕神灭、神不灭的问题展开。
这场争论最后是梁武帝以政权的力量进行平息的，但争论却促进了儒佛思想的融合。
开启了以儒释佛，儒佛互证的学术思潮，致儒学不可避免的走向佛教化。
南朝儒道合一
在南朝儒学与佛教的斗争过程中，自觉或不自觉地与中国本土宗教，道教亲近，以期与之联合抗衡佛教。
首先道教产生于汉代，其思想资源与体系构建受儒学影响深刻，创始人张角奉行的《太平经》就赞扬儒学的三纲六纪。
再者，道教奉行的思想权威老子之学又与魏晋玄学家的思想倾向契合，玄学家的思想也包容了道教因素。
儒道合一在东晋之前只是某些思想的沟通与融合，从东晋的葛洪开始儒家学者真正的从儒学立场走向道教立场。
后续道教学者陆静修、陶弘景致力研讨儒家经典，把儒学引入道教体系，使儒道二教真正融合无碍。
北朝儒学：纯朴求实
中国政治的分裂，致儒学分为南北二宗，在学术上差异明显。
与南朝不同，北朝基本上处于民族纷争的混战状态，史陈“五胡十六国”。
因北朝的统治需要及北方少数民族统治者面对中原文化，进行汉化的过程，儒学就长期内一统天下，学风比南朝纯正。
在学风上，北朝儒学趋于重蹈汉末的传统，以接受、应用并宣扬儒家经典为主要任务，研究方法上弄清儒家经典中固有的典章制度和思想学术的基本内容，具有实学倾向。
北朝名儒徐遵明、卢辩等在儒家经典整理、注释和传承方面做了重要工作，是儒学发展过程的重要环节。
魏太武帝与北周武帝灭佛
北朝虽儒学纯正，但也受南朝三教冲突与融合的影响，在北魏统治早起，佛教在政治上也有重要地位。
但到魏太武帝拓跋煮统治时期，受道士寇谦之与司徒崔浩的进言，对佛教进行打击，发起灭佛运动。
北周代西魏政权，承袭北魏太武帝灭佛的影响。佛教的大发展导致寺院与世俗权力的经济利益冲突，且也破坏三教并立的格局，引起三教新冲突。
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