source ~/.bashrc
in_dir=/ifs/data/dipg_cbttc_bam
out_dir=/ifs/data/dipg_cbttc_fastq
mkdir $out_dir
for fullpath in "$in_dir"/*
do
filename="{fullpath:0:
{#filename}}" # Substring from 0 thru pos of filename
base="{filename:${#base} + 1}"
echo dir
echo ext
java -Xmx2g -jar /ifs/scratch/picard.jar SamToFastq I={out_dir}/
{out_dir}/${base}_R2.fastq
done
! /bin/bash $ -l mem=30G,time=50:: $ -j y $ -N bam2fq $ -...
picard解释flag的官网链接：https://broadinstitute.github.io/picard...
async function printFiles () { let fileNames = ['picard'...
! /bin/bash $ -l mem=30G,time=50:: $ -j y $ -N bam2fq $ -...
java -jar/home/shen/biosoft/picard.jarCreateSequenceDicti...
bwa 安装 使用 Samtools 安装 使用 Picard 安装 使用
#!/bin/bash PICARD=/home/lq/storage/call_variants/softwar...
3.1 DNASeq 数据分析SNP/Indel 策略 策略一： BWA + Samtools /Picard +...
适用场景： 首选软件： picard MarkDuplicates 命令示例： export _JAVA_OPTI...
1.今天简历基因组索引 picard CreateSequenceDictionary R=LH9.fasta &...
本文标题：picard bam2fq
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/aikmkltx.html
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