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解析fasta文件

解析fasta文件

作者: 南山欧巴 | 来源:发表于2017-07-23 16:19 被阅读0次
sequences={}
ac = ''
seq = ''
for line in open("swissprot.fasta"):
    if line.startswith(">") and seq != '':
        sequences[ac]=seq
        seq = ''
    if line.startswith('>'):
        ac=line.split('|')[1]
    else:
        seq=seq+line.strip()
sequences[ac]=seq
print sequences.keys()
print sequences['P62258']

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