美文网首页
Python | 统计FAST文件里多个基因的长度

Python | 统计FAST文件里多个基因的长度

作者: 懒猪曼达 | 来源:发表于2022-10-28 21:08 被阅读0次

    假如以下这个脚本为Gene_length.py, 测试的fasta文件为test.fasta,输出文件为outfile

    代码的运行命令(在linux中):python Gene_length.py test.fasta outfile

    * 其中 ID = re.split(r'\.',line)[2] 这一步是因为原始fasta文件里ID名称是这样的>evm.model.Contig62652.1.我们需要的是Contig62652这一部分,这个ID是用.来分割,而我们需要的是第三部分,在列表中是属于【2】

    代码实例

    相关文章

      网友评论

          本文标题:Python | 统计FAST文件里多个基因的长度

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/tsiftdtx.html