R语言作图——Dot plot

原创：黄小仙

今年注定是特别的一年，今天也是一个特别的大年初一，小仙同学长这么大第一次在大年初一这天干点正事。今天要给大家介绍的是点图（Dot plot)，点图展示的数据比较简单，但胜在好看啊。

作图数据如下：

（数据框中的第一列行名在本次作图中暂时用不到）
Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

library(reshape2)
library(ggplot2) 
library(Hmisc)                       
#注释：package使用之前需要调用
# 今天要用到stat_summary()函数需要调用Hmisc包

Step4.绘图

data_melt<-melt (data[,-1])
#注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据
# data[,-1]去掉作图用不到的第一列数据
p<-ggplot(data_melt, aes(x = variable, y = value, color=variable, fill= variable)) + 
   geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', binwidth = 1)+
   theme(panel.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.border = element_rect(colour="black",fill=NA))
p

添加平均值

p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", 
             mapping = aes(ymin = ..y.., ymax = ..y..), width = 0.3)

添加误差线

p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", 
      mapping = aes(ymin = ..y.., ymax = ..y..), width = 0.3) +
      stat_summary(fun.data = "mean_se", geom="errorbar", width = 0.2)

（公众号：生信了）