conda

生信技能树公众号发布：conda管理生信软件一文就够

conda下载

​ 百度"conda 清华"，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua...，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）

下载系统版本：

• linux版本：如果是x86_64系统，请下载Miniconda2-**-Linux-x86_64.sh的最新版本

• mac版本：登录终端，下载Miniconda2-***-MacOSX-x86_64.sh的最新版本，

如何寻找软件最新版本：根据时间戳来定义，比如今天是2019,2,27，目前软件的最新版本时间戳是2019-01-03

如何下载：找到最新时间戳的你需要的版本（如Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh)，右击，左击复制链接地址

下载最新版本的linux版示例：wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda安装

安装最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示：

Please, press ENTER to continue
>>> 
# 此处直接点击enter即可

===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键，直到出现下面行

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes，点击enter
# 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可

[/home/qmcui/miniconda2] >>> 
# 遇到此处时，直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径

installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/qmcui/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......


Initializing Miniconda2 in /home/qmcui/.bashrc
A backup will be made to: /home/qmcui/.bashrc-miniconda2.bak


For this change to become active, you have to open a new terminal.

Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功

# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后，本身就是没有任何提示

conda --help
# 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
# 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......

# 继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help

miniconda配置镜像

​ 因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！（R也可以配置一次，需要写配置文件罢了）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

​ 将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功；这里请注意，不要复制出错~，运行方法如下

qmcui 15:43:15 ~
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
qmcui 15:44:49 ~
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
qmcui 15:44:49 ~
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
qmcui 15:44:49 ~
$ conda config --set show_channel_urls yes

​ 配置信息保存在~/ .condarc里，cat ~/ .condarc即可查看！

创建小环境

​ 安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；

​ 怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~

​ 你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~

conda create -n rna
# 创建一个小环境名为rna

conda install python=2
# 安装python 2版本
# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

查看小环境

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名
qmcui 16:20:50 ~
$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/qmcui/miniconda2
rna                      /home/qmcui/miniconda2/envs/rna

进入小环境

​ 创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。每一次安装软件，都要激活小环境，要在哪个小环境下安装软件，就激活哪个小环境名。

​ source activate rna：激活小环境名为rna的环境

​ 激活成功显示为：(rna) qmcui 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

查找软件

• 从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html

• conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在

  推荐第一种；

安装软件

​ 第一步：先从bioconda镜像查看软件名具体是什么？一个字母都不能错

​ 第二步：conda install 软件名

​ 第三步：成功调取软件帮助文档==确定安装成功

这里有点类似R包的安装，装后需要library()一下，才能确认安装成功

​ 安装方法：conda install -y sra-tools trim-galore

​ 参数解释：-y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y，自己尝试后就理解了这句话含义；sra-tools trim-galore安装两款软件，默认安装最新版；

指定软件安装版本

​ conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

​ conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

Constraint type	Specification	Result
Fuzzy	numpy=1.11	1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc.
Exact	numpy==1.11	1.11.0
Greater than or equal to	"numpy>=1.11"	1.11.0 or higher
OR	"numpy=1.11.1|1.11.3"	1.11.1, 1.11.3
AND	"numpy>=1.8,<2"	1.8, 1.9, not 2.0

更新软件

conda update conda：更新conda

conda update bwa：更新bwa；前提是已经安装成功bwa

查看已安装软件

conda list：在当前小环境下，列举所有安装软件。

示例：

​ source activate rna

​ conda list

​ 列举rna小环境内安装的所有软件

退出小环境

conda deactivate: linux下conda退出小环境命令

移除小环境

conda env remove --name bio-env：删除小环境及里面的内容

其他注意内容

pip安装

​ 先安装python，才能使用pip安装python的软件，如pip install multiqc

miniconda安装失败

• 删除安装目录，如果安装到了/home/qmcui/miniconda2里，执行rm -r /home/qmcui/miniconda2
• 删掉~/.bashrc最后几行conda写入的信息(# added by Miniconda2 4.5.12 installer下面几行一般都是)，如果没有# added by Miniconda2 4.5.12 installer的话，即表明conda配置的信息没写入成功

然后按照上述步骤重新安装！

配置镜像出错

conda: command not found
# 表明环境变量里找不到conda这个软件
# 出错原因：.bashrc里没有配置conda的PATH或者配置过但是没有source ~/.bashrc
# 检验方法：运行echo $PATH，查看是否含有conda安装路径

Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top
# 表明之前已经运行过这句代码

# 复制镜像配置语句时复制错误，需要重新配置时，需要删除镜像配置文件
rm ~/.condarc 
# 然后重新配置，参考miniconda配置镜像

总结

​ 到底应该怎么一步安装法

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# miniconda2软件下载成功

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# 遇到yes/no输入yes，其他直接enter搞定
source ~/.bashrc
conda --help
# miniconda2安装成功，并成功配置好环境变量

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 配置镜像成功

conda create -n rna python=2
# 创建小环境成功，并成功安装python2版本
# 每建立一个小环境，都要装一个python=2的软件作为依赖

source activate rna
# 成功激活进入小环境，即可安装软件

conda install -y fastqc
# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令
fastqc --help
# 成功出现帮助文档，fastqc软件安装成功

conda install -y sra-tools
# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令
prefetch --help
# 成功出现帮助文档，sra-tools软件安装成功
# 安装什么软件，并不等于调用什么命令--help

source deactivate
# 成功退出rna小环境
# 或直接退出当前账户