生信分析中，为了使用一个叫Picard的软件，在编译得到一个可执行的java jar的时候，遇到了报错如下。
[sudo] password for xuzhongtian:
ERROR: JAVA_HOME is not set and no 'java' command could be found in your PATH.
Please set the JAVA_HOME variable in your environment to match the
location of your Java installation.
报错已经说得很清楚了，JAVA_HOME还没有设置，并且在$PATH环境变量中找不到java命令，那就需要安装并配置JAVA环境变量。
首先通过命令 which java 看看电脑中是否有java，结果输出 /bioinfor/biosoft/anaconda3/bin/java 表明系统中有集成在anaconda3里面的java。
该路径已经添加到了环境变量，没有找到也是神奇，为了使用Picard，恐怕我们还是得再安装配置一次。
先要去官网上下载安装包，点击进入安装包下载界面。
image
linux x86表示32位，linux x64表示64位， 根据自己的电脑的情况下载。
#在/usr/local/中新建一个java文件夹
sudo mkdir /usr/local/java
#将安装包复制到刚才创建的java文件夹的路径
sudo cp ~/Downloads/jdk-8u171-linux-x64.tar.gz /usr/local/java/
#解压缩安装包
sudo tar -vzxf jdk-8u171-linux-x64.tar.gz
然后再就是配置环境变量
打开.bashrc配置文件， sudo vim~/.bashrc，然后添加这么如下几行：
export JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.8.0_171
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH
修改完之后在source ~/.bashrc， 然后在验证是否安装配置成功。
安装配置之前:
$java -version
输出如下：
openjdk version "1.8.0_92"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.15.0.1-linux64) (build 1.8.0_92-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.15.0.1-linux64) (build 25.92-b15, mixed mode)
安装配置之后:
$java -version
输出如下：
java version "1.8.0_171"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_171-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.171-b11, mixed mode)
Done
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