如何对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式

有个师弟说他想要将对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式储存结果。

即参考序列的GFF格式文件为： gff.jpg

希望根据参考序列进行操作，输出的结果为以fasta格式储存结果：

Chr  bin_start  bin_end
1  1  2000
1  2001  4000
1  4001  6000
...
2  1  2000
2  2001  4000

（Bed格式是一种0 based的文件，这种写法是不对的...）

其实这个文件，写脚本非常简单，但是也有现成的轮子，即熟练使用samtools/bedtools解决这种需求，轻而易举。
比如我们现在有个fake参考序列，fake_genome.fa，内容如下：

>Chr1  57bp
GTTTGGTTTGTGCGTGATGTTAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGGAGCACACGTCTG
>Chr2 50bp
NCCTCTGCAAACGGGTCTGATAGTATTTCAGATCGGAAGAGCACACGTCT

现在我们想将其切割成长度为20bp的一条一条的bins区间，并且用Bed格式保存结果用于后续分析。

samtools faidx fake_genome.fa
cut -f 1,2 fake_genome.fa.fai   > fake_genome.chrome.size
bedtools  makewindows  -g fake_genome.chrome.size -w 20 > result.bed

最后输出结果如下：

Chr1    0   20
Chr1    20  40
Chr1    40  57
Chr2    0   20
Chr2    20  40
Chr2    40  50

实现了师弟最初的想法。

也可以将某条染色体上的bins区间分别输出成bed， 代码如下：

bedtools  makewindows -g fake_genome.chrome.size  -w 20   | awk '{if ($1=="Chr1"){print $0 >> $1":"$2"-"$3".bed"}}'