如果不喜欢使用bioconda,想使用图形化界面安装生物软件,可以选择使用新立得软件管理工具,目前里面已经集成了很多生物软件,我一直认为如果有一天生物软件安装能像App Store安装应用一样就好了,新立得软件管理工具就是这样的雏形。其实,它别App Store历史要悠久。
十二:利用Synaptic安装生物软件
1、安装Synaptic
apt install -y synaptic #安装新立得
2、启动ubuntu菜单,搜索Synaptic,或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。
3、软件左侧是分类类目,可以首先选择软件类目,缩小范围,在从中选择需要的内容,也可以直接进行搜索。
4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源,可以额外添加,如果有一个专用的生物软件源,像bioconda一样,就太方便了。
5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件,选中安装即可,可以自动安装依赖,像App Store安装App一样方便。
6、可以从中找到bwa,blast,blat,bcftools,bedtools,bowite2,phylip,clustalW,NCBI系列,samtools,seqtk等等,总之非常非常多,选中安装即可,非常方便。
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