美文网首页工作生活
生信分析平台搭建(八):利用Synaptic安装生物软件

生信分析平台搭建(八):利用Synaptic安装生物软件

作者: 基因学苑 | 来源:发表于2019-07-01 14:17 被阅读0次

    如果不喜欢使用bioconda,想使用图形化界面安装生物软件,可以选择使用新立得软件管理工具,目前里面已经集成了很多生物软件,我一直认为如果有一天生物软件安装能像App Store安装应用一样就好了,新立得软件管理工具就是这样的雏形。其实,它别App Store历史要悠久。

    十二:利用Synaptic安装生物软件

    1、安装Synaptic

    apt install -y synaptic  #安装新立得

    2、启动ubuntu菜单,搜索Synaptic,或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。

    3、软件左侧是分类类目,可以首先选择软件类目,缩小范围,在从中选择需要的内容,也可以直接进行搜索。

    4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源,可以额外添加,如果有一个专用的生物软件源,像bioconda一样,就太方便了。

    5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件,选中安装即可,可以自动安装依赖,像App Store安装App一样方便。

    6、可以从中找到bwa,blast,blat,bcftools,bedtools,bowite2,phylip,clustalW,NCBI系列,samtools,seqtk等等,总之非常非常多,选中安装即可,非常方便。

    ---------- END ----------

    欢迎订阅我们的微信公众号,更多精彩内容等你发掘!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:生信分析平台搭建(八):利用Synaptic安装生物软件

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/aoygcctx.html