【ChIP-seq 实战】一、数据分析流程

组学分析之ChIP-Seq，蛋白质修饰。这里是佳奥，我们进入新一篇章的学习！

首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程：

• sra-tools：下载测序数据

• fastqc,multiqc,trim_galore 测序数据的质量控制

• bowtie,bowtie2,bwa 比对到参考基因组

• MACS2,homer 找到IP的结合位点，坐标bed文件

• deeptools 一些可视化

• meme/homer motif 计算motif序列

• annotation(R包，ChIPpeakAnno，ChIPseeker)

• 高阶分析

  • peaks差异分析

  • peaks对应的基因的富集分析

这是视频网站的一个关于详细讲解ChIP-seq 的课程，视频网址后缀在这：

/watch?v=zwuUveGgmS0

• step 1: quality control(check in IGV or draw heat-map)
• step 2: from reads to coverage(match)
• step 3: signal and noise(input and treatment)
• step 4: modeling background
• step 5: from reads to peaks(core part, example MACS2)

最后，有关课程资料、源代码在这里：

http://www.bio-info-trainee.com/7210.html

QQ截图20220808153246.png

下一篇我们开始必要的软件安装。

我们下一篇再见！