下载line1序列

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-11-08 22:09 被阅读33次

法一:

安装:

sudo apt install mysql-client-core-5.7

sudo apt install mariadb-client-core-10.1

下载:

mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D mm10 -e 'select chrom,chromStart,chromEnd,name from nestedRepeats where repClass="LINE" ' > line1.bed

查看:

ref: https://www.biostars.org/p/127759/

法二:

查看:

ref:UCSC Genome Browser Public Support › LINE

比较下选择第二个mm10:

验证:

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