图片来源于Rstudio官网 最近把笔记本的win10系统重装了下,正好把R从头到尾重新安装设置下写几个帖子。这是...[作者空间]
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随着二代测序技术的普及,大量高通量数据产生并存储在各类公共数据库如TCGA、GEO等。生物信息学仿佛迎来了发展的春...[作者空间]
欢迎大家关注我的个人生信学习公众号,简书以后可能更的不多了(一是简书记录不是很human,改用有道云了。二是有的代...[作者空间]
1.http://chipseek.cgu.edu.tw 2.http://bejerano.stanford.e...[作者空间]
安装: install.packages("devtools") library("devtools") sour...[作者空间]
featureCounts-p-T 20-aERVL.saf -oERVL.counts xxx.bam xxx....[作者空间]
参数:hicPlotMatrix--colorMap 颜色网页:https://matplotlib.org/ex...[作者空间]
For paired-end reads: cutadapt -a ADAPT1 -A ADAPT2 [optio...[作者空间]
单个文件下载: ascp -i /home/shen/.aspera/connect/etc/asperaweb_...[作者空间]
格式转换: 第一步:过滤<20的低质量mapping,提取mapped,即uniq第二步:进行sort第三步:pi...[作者空间]
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R:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/...[作者空间]
有的文件geneid带有版本信息需要去掉,以匹配其他文件: 要匹配的文件如: 命令: awk 'BEGIN{OFS...[作者空间]
adapter: /home/shen/miniconda3/share/trimmomatic-0.38-1/a...[作者空间]
genome: ChAR-seq1_R1.fqChAR-seq1_R2.fq 1.双端进行trimmomatic ...[作者空间]
截图ref:bedtools Tutorial[作者空间]
www:ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/...[作者空间]
ref文献:CpG Islands in vertebrate genomes 下载:[作者空间]