兵器研究院的一次火药试验失败造成大爆炸，二十八名研究员和数十名工匠丧命。石越认为是自己太在意火药武器的研发导致研究员们急功近利、忘记了基本的安危常识所致，自责不已。石越上书要求建立先贤祠和忠烈祠，分别供奉牺牲研究员和工匠的牌位。建立忠烈祠的提议很容易就被通过，先贤祠提议却遇到了阻碍。
自董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”以来，儒学一直是主导思想。宋代大儒死后入孔庙享受祭祀，是至高无上的荣耀。建立先贤祠，在当时人看来却是鼓励“奇技淫巧”，冲击儒学的主导地位。在政事堂一番辩论后，诸公把皮球踢向石越，让他负责说服反对这项提议的给事中杨绘和吕希哲。石越没想到自己设计的官制改革，赋予给事中批驳之权，石头竟然砸到了自己脚上。
石越夜访杨绘和吕希哲碰了钉子——这两个儒家的忠实信徒不买他的账，转而利用舆论力量迫使两人同意。石越在《新义报》撰文解释为何要建立先贤祠。王昉看出石越建立先贤祠并不只是为了供奉牺牲的研究员，而是鼓励“百花齐放”，但桑充国赞同石越的提议，《汴京新闻》发文支持。甚至连《西京评论》和《谏闻报》也给予了正面评论。
士林和民间反响强烈，因为许多人死后无法配享孔庙，牌位却有可能入祀先贤祠。杨绘和吕希哲在强大的舆论压力下指责石越玩弄手段，却辩不过石越。皇上为了缓和双方矛盾，降低了先贤祠的地位，使其位于孔庙之次，杨、吕二人终于同意。
令石越意想不到的是，先贤祠建立后，有官员提议王雱入祀，皇上竟然同意了。王雱收到皇上赏赐的“礼物”——他写给沈起的那封构陷石越谋反的书信，病情加重，终于一命呜呼。王安石隐约猜到与石越有关，但书信已被王雱烧掉，无从查证，他亦不知自己的宝贝儿子曾经做过那么阴险的事情，王雱之死便成了他和石越之间的心结。皇上顾念与王安石之间的情分，王雱的阴谋也没有公开论罪，因此同意王雱牌位入祀先贤祠。
石越心里憋屈，自己费尽心思建立先贤祠，竟然让王雱有了一牌之位。偏偏他无法反驳，因为以王雱的学术成就而论，确实有资格入祀。潘照临反倒看得开，在他看来不过是多列一个牌位。闷闷不乐的石越去先贤祠散心，遇到了兵研院的赵岩，两个同样自责的人说了许多话。石越怀疑是自己拔苗助长导致那么多人丧命，质疑自己的选择。赵岩和随后而来的桑充国却认为他没有错，这次爆炸只是意外。赵岩决定继承死去同僚的遗志，继续研究火炮。
赵岩走后，石越和桑充国说起了自己的改革构想和宏大理想。桑充国终于意识到自己与石越的差距。
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