常见组蛋白修饰的功能、作用位点以及数据分析中信号呈现的峰形：
组蛋白修饰的功能大致分成两类：活化，对基因的转录表达起促进作用；阻遏，对基因的转录起抑制作用，典型的代表为H3K27me3。
组蛋白修饰的峰形特征也大致呈现为两类：Narrow和Broad，其中H3K9me3例外。宽峰形的组蛋白使用macs2做peakcalling时，添加--broad以便得到更符合实际情况的结果。
H3K4me3和H3K27ac在TSS附近呈现双峰：
大部分组蛋白的结合位点富集在基因body、TSS、增强子等区域，数据信号呈现出尖峰或者宽峰，其中H3K4me3和H3K27ac的峰形较为特别，在TSS区域呈现出双峰的特征。
TSS双峰的原因：
许多基因在反义链方向上有不同的转录本，这些分化的转录本会被迅速降解。TSS上双峰的形成可能与该基因及其同源RNA(不同的转录物)相关，而两个峰之间的间隙代表核了nucleosome-free区。
往期回顾
打包2023，迈向2024
ChIPseeker | 详解annotatePeak的三种注释方式
macs2 | model vs nomodel
有些软件总能以某种方式劝退你 | SpectralTAD 之 TAD calling
生信分析不只是跑个软件 | TADCompare 差异分析要留心
网友评论