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RocksDB系列十四:Partitioned Index Fi

RocksDB系列十四:Partitioned Index Fi

作者: 薛少佳 | 来源:发表于2018-07-20 14:39 被阅读0次

      随着DB/mem使用越来越多,filter/index block的内存空间变得不可忽视。虽然cache_index_and_filter_blocks 配置只允许filter/index block数据的一部分cache在block cache中,但是还是会因为数据量的庞大影响RocksDB的性能。

    • 占据了过多的block cache 空间,这些空间本来可以用于缓存data
    • 当访问cache miss时需要load miss的数据到内存中,这无疑增大了磁盘存储的访问压力。

      接下来会更详细地阐述这些问题的细节,并解释对Index/filter进行分片是怎么减轻这些开销的。

    How large are the index/filter blocks?

      默认情况下,RocksDB每个SST file只有一个index/filter block。Index/filter的大小是由配置决定的,但是如果一个SST file为256MB的话,index/filter的block一般为0.5~5MB,这远比普通的data block(4~32KB)大很多。如果内存占用合适的话,每个SST file的index/filter只会读一次到内存即可,这样就不会总是与data block 竞争cache空间,不过也有可能会因为cache 淘汰导致多次从disk读取数据。

    What is the big deal with large index/filter blocks?

      当index/filter block数据允许存储在Block cache时,就会与data block竞争cache这个非常稀缺的资源。5MB的index/filter就可以存储1000个data block(4KB),这将会导致更多data block的cache miss。多个SST file的index/filter彼此之间也会竞争cache并有可能会淘汰掉对方,也会加剧自身的cache miss。所以,导致了这样一种情况会出现:index/filter在cache 中的生命期间,真正提供cache服务的概率很低。
      如果index/filter cache miss后,就需要从disk中reload,但是由于数据量很大,会导致很高的IO cost。一次简单的point lookup有可能需要两次data block(each for one layer of LSM)的读操作,所以有可能会读取很多MB的index/filter block数据。如果这种情况经常发生的话,disk cost就会更多消耗在index/filter 而不是data block上,这显然是我们不希望看到的。

    What is partitioned index/filters?

      如果要分片的话,SST file的index/filter会被分片为多个小 block,并会配备一个索引。当需要读取index/filter时,只有top-level index会load到内存。然后,通过top-level index找出具体需要查询的那个分片,然后加载那个分片数据到block cache。top-level index占用的内存空间很小,可以存储在heap 也可以存储在block cache中,这取决于cache_index_and_filter_blocks配置。

    Pros

    • 更高的cache 命中率:分片后,避免了超大的index/filter blocks 占用稀缺的cache空间,以更小的block形式加载需要的分片数据到block cache,这提高的内存空间的有效使用。
    • 节省IO: 当index/filter分片数据 cache miss后,只有一个分片需要从disk load到内存,与load SSTfile的全部index/filter相比,这会大大减轻disk的负载。
    • No compromise on index/filters:如果没有采取分片策略的话,要想减缓index/filter内存空间占用的问题可以采取以下方法:设置更大的block或者减少bloom bits来使index/filter变得更小。前者会导致刚才所述的cache 浪费问题,后者会影响bloom filter功能的正确性。

    Cons

    • top-level index会占用额外空间: index/filter大小的0.1~1%
    • 更高的disk IO:如果top-level index不在cache的话,会增加一次额外的IO。为了避免这种问题,可以将index 以更高的优先级存储在heap或者 cache中。(todo)
    • 损失了空间局部性: 如果是这样的场景,频繁且随机地读取相同SST文件的数据,这样就会在每次读取时都会load 不同的分片数据到内存,和一次性读取所有的index/filter相比,显然会更加低效。在RocksDB的benchmark中很少出现这种情况,但是这确实会发生在LSM tree的L0/L1数据访问中。因此,这两层的SST file 的index/filter可以不分片。(to do)

    成功案例

    HDD, 100TB DB

    DB大小为86G,HDD存储,在一个具有100TB数据的node上模拟小内存,使用Direct IO(关闭OS file cache),block cache大小设置为60MB。分片后吞吐提升了11倍( 5 op/s提升到55 op/s)。

    /db_bench --benchmarks="readwhilewriting[X3],stats" 
    --use_direct_reads=1
     -compaction_readahead_size 1048576 --use_existing_db --num=2000000000 --duration 600
     --cache_size=62914560 -cache_index_and_filter_blocks=false
     -statistics -histogram -bloom_bits=10 -target_file_size_base=268435456 
    -block_size=32768 -threads 32 -partition_filters -partition_indexes 
    -index_per_partition 100 -pin_l0_filter_and_index_blocks_in_cache
     -benchmark_write_rate_limit 204800
     -max_bytes_for_level_base 134217728 -cache_high_pri_pool_ratio 0.9
    

    SSD, Linkbench

    DB大小300G,SSD存储,在相同node上模拟小内存(有可能会被其他的DB访问),打开Direct IO(关闭OS file cache),block cache size设置为6G和2G。没有分片策略时,当把内存从6G降低到2G时,吞吐从38K tps降低到了23K。打开分片后,吞吐从38K降低到30K。

    How to use it?

    • index_type = IndexType::kTwoLevelIndexSearch
      这个配置是启用index分片
    • NewBloomFilterPolicy(BITS, false)
      使用full filters
    • partition_filters = true
      这个配置是启用filter分片
    • metadata_block_size = 4096
      index 分片的大小设置
    • cache_index_and_filter_blocks = false [if you are on <= 5.14]
      分片数据存储在cache中。控制top-level索引的存储位置,但是这种情况,在benchmark中实验数据不多。
    • cache_index_and_filter_blocks = true and pin_top_level_index_and_filter = true [if you are on >= 5.15]
      将所有的index/filter数据和top-level index都存储在block cache。
    • cache_index_and_filter_blocks_with_high_priority = true
      如字面意义
    • pin_l0_filter_and_index_blocks_in_cache = true
    1. 建议设置,因为这个配置会应用到index/filter 分片
    2. 只在compation style 是level-based时使用
    3. 需要注意:当把block 数据cache到block cache后,可能会导致超过内存设置的容量(如果strict_capacity_limit 没有设置)。
    • block cache size: 如果之前都是将filter/index 存储在heap,现在设置filter/index 数据cache到block cache的话,不要忘了增加block cache size,大小与从heap中减少的量大概一致。

    Current limitations

    • 如果没有对index分区的话,是不能对filters分区的。
    • filter和index的partition 数量必须是一致的。换句话说,无论什么时候开始对index block进行切分,都要对filter block进行切分
    • filter block的大小是由index block切分的时机决定的。RocksDB很快就会根据metadata_block_size 来控制filter和index block的最大size。换句话说:filter block切分发生在下面这两种情况,1)index block被切分了,所以会按照同样的分片数目切分filter block 2)filter block的size超过了metadata_block_size

    Under the hood

    1 BlockBasedTable Format

    分片之后index block存储由

    [index block]
    

    变换为:

    [index block - partition 1]
    [index block - partition 2]
    ...
    [index block - partition N]
    [index block - top-level index]
    

      SST file的尾部是top-level index block,这个block本身就是partition blocks的索引。每一个index block 分片都是按照kBinarySearch格式存储。top-level index,也是按照这种格式存储。所以这些分片和索引数据可按照普通的data block reader来读取。
      filter blocks也是按照相同的架构来分片。每个filter block都是按照KFullFilter格式存储。top-level index按照kBinarySearch格式存储,与index block一样。
      如果分片的话,SST inspection工具 sst_dump不再汇报index/filter blocks的总大小,而是汇报index/filter的top-level index的大小。

    2 Builder

      通过PartitionedIndexBuilder and PartitionedFilterBlockBuilder分别构建partitioned index和partitioned filter。
      PartitionedIndexBuilder 有一个指针(sub_index_builder_),指向ShortenedIndexBuilder,这个实例可以用来构建单钱的index 分片。当设置了flush_policy_时,PartitionedIndexBuilder 会将这个指针写入index block的最后一个key,然后创建一个新的ShortenedIndexBuilder。当调用了PartitionedIndexBuilder 的::Finish函数时,会在最早的sub index builder上调用::Finish函数,然后返回分片的block。下次调用PartitionedIndexBuilder::Finish时会携带上次返回的partition的offset信息,这个信息会被用作top-level index的值。最后一次调用PartitionedIndexBuilder::Finish会完成top-level index的构建。然后会将top-level index存储在SST file中,其offset会被用作index block的offset。
      PartitionedFilterBlockBuilder 继承自FullFilterBlockBuilder ,都有一个FilterBitsBuilder 来构建bloom filters。PartitionedFilterBlockBuilder 有一个指针指向PartitionedIndexBuilder,可以调用其ShouldCutFilterBlock 函数来确定是否该对一个filter block进行切分。在分片时会首先调用FilterBitsBuilder ,将返回的block数据和一个由PartitionedIndexBuilder::GetPartitionKey()生成的一个partition key存储在一起,然后重置FilterBitsBuilder ,以供下次分片使用。最后,每调用一次PartitionedFilterBlockBuilder::Finish,都会返回一个partition以及当前partition用来构建top-level index的offset。最后一次调用::Finish会返回top-level索引的block。
      之所以PartitionedFilterBlockBuilder 会依赖PartitionedIndexBuilder 是为了优化SST file的index/filter 分片。如果不care这个的话,后续改进中会将这个逻辑删除。

    3 Reader

      PartitionIndexReader 可以通过读取top-level index block来获取分片索引信息。NewIterator 可以用作执行在top-level index的TwoLevelIterator 。这种简单的实现是可行的,因为每个index 分片都是kBinarySearch 格式,这和data block的格式相同,很容易就可以当做lower level iterator来使用。PartitionedFilterBlockReader 使用top-level index来找到filter partition的offset,然后在BlockBasedTable 对象上调用GetFilter()来加载FilterBlockReader 对象,然后释放掉FilterBlockReader 对象。

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