R语言-菌群alpha多样性之箱线图绘制

箱型图（Boxplot）或者盒图是一种能同时展示一组或多组数据的极值、四分位数、中位数和离群值，显示数据离散情况的统计图。下面介绍一下如何在R软件中利用箱形图可视化两组微生物群的Alpha多样性指数。

• 作图数据说明
• 使用Q2打开文件“shannon vector.qzv”，下载元数据“alpha_diversity_metadata.tsv”，最后一列为shannon指数，内容如下： alpha_diversity_metadata.tsv
• 绘图脚本说明

## 使用ggplot2绘制alpha多样性箱线图：
library(ggplot2)

## 读取数据：shannon指数
data <- read.table("alpha_diversity_metadata.tsv",sep = "\t",header = TRUE)

## x轴标题指定排序
sample_type <- factor(data$type, levels = c("cervix","vagina"))
patient_id <- factor(data$group, levels = c("P0065","P4313","P4445"))

## ggplot绘制箱线图：按照样本类型排序
ggplot(data,aes(sample_type,shannon,fill = sample_type)) +    ## 将sample_type映射给x值，shannon映射给y值
  geom_boxplot(outlier.alpha = 1,outlier.shape = 2,outlier.color = "red",outlier.fill  = "pink") +     ## 设置离群点：outlier.alpha=离群点的透明度；outlier.shape=形状2-；color = 颜色
  scale_fill_manual(values =  rev(c('azure3', 'bisque2', 'aquamarine4'))) +  ## 指定填充颜色
  theme(axis.text = element_text(size = 13))    ## 轴标题字体大小

## ggplot绘制箱线图：按照患者分组排序
ggplot(data,aes(patient_id,shannon,fill = patient_id)) + 
  geom_boxplot(outlier.alpha = 1,outlier.shape = 2,outlier.color = "red",outlier.fill  = "pink") +
  scale_fill_manual(values =  rev(c('azure3', 'bisque2', 'aquamarine4'))) +
  theme(axis.text = element_text(size = 13))

• 运行结果

  
  alpha多样性 alpha多样性