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批量提取文件前缀

批量提取文件前缀

作者: 宗肃書 | 来源:发表于2021-01-07 19:26 被阅读0次
  • 进入文件所在目录
cd /public/jychu/chicken_body_size/fastq/dulong_10
  • 提取我们所需要的所有文件
find *_1.fastq.gz >sample
(base) [jychu@localhost dulong_10]$ cat sample
SRR9967586_1.fastq.gz
SRR9967587_1.fastq.gz
SRR9967588_1.fastq.gz
SRR9967589_1.fastq.gz
SRR9967590_1.fastq.gz
SRR9967591_1.fastq.gz
SRR9967592_1.fastq.gz
SRR9967593_1.fastq.gz
SRR9967594_1.fastq.gz
SRR9970467_1.fastq.gz
  • 在sample文件里修改所有文件名
sed -i "s/_1.fastq.gz/ /g"  sample

结果如下

(base) [jychu@localhost dulong_10]$ cat sample
SRR9967586
SRR9967587
SRR9967588
SRR9967589
SRR9967590
SRR9967591
SRR9967592
SRR9967593
SRR9967594
SRR9970467
  • 另一种方法
ls *.fastq.gz | cut -d"." | cut -f1 > sample

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