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ImageJ测定脂肪滴大小

ImageJ测定脂肪滴大小

作者: 谢俊飞 | 来源:发表于2023-03-21 11:48 被阅读0次
图片.png

一、图像预处理:

选择Image > Type,转化为8-bit;


图片.png

此时图片偏暗,对图像做适度的调整,Adjust > Brightness/Contrast


图片.png 图片.png

二、测定脂肪滴大小

思路:

1. 标尺校正:
选择划线工具,在图片上画出与标尺长度相同的线段(按住shift拉出直线),
然后选择 Analyze > Set scale;

图片.png

Distance in pixels:线段在图中的测定值
know distance:已知的长度
unit of length:单位设置
Global:如果选择则可以在多张图片之间保持一致;

添加标尺:
自动添加:Analysis > Tools > Scale Bar
width in bar:设置标尺的长度
可以填写字的大小、宽度、颜色、位置等,
手动添加:选择直线工具,划线,Analysis > Tool > Scale Bar

2. 图像阈值:
依次选择Image > Adjust >Threshold,
在调出的窗口栏调节滑块,使得细胞的边界明晰以便于机器识别,最后点击Apply;

图片.png 图片.png

此时看到,许多脂肪第粘连一在一起,而机器无法识别,可以
Process > Binary > Watershed


图片.png

3. 不规则形态的测定:
依次选择Analyze > Tools > ROI Manger
A. 对于独立的单个脂肪滴,选择魔棒工具选中后,单击Add[t]选中区域;如下图:

图片.png

B. 对于被遮盖住的脂肪滴,可以选择圆形工具,画出相应大小的圆后,操作如上:

图片.png

当选中所有的图形后,单击ROI Manger中的Measure,弹出计算结果。

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3. 规则形态的测定:
如果图片脂肪滴无重叠,则可以使用软件内置参数自动计数;
图像预处理等操作同上,然后依次单击Analyze > Particles

Size(um^2):形状大小范围设定。计算前应粗略估计细胞的大小范围,排除非细胞的形态。具体操作为选择多边形工具,画出最大细胞的轮廓,然后单击Analyze > Measure,记下弹出菜单显示细胞的面积值,统计记下最小面积值;
Show: 选择outlines可以标记出形状轮廓;

图片.png 图片.png

其他可选操作:

  1. 拍照转化为灰度后脂肪滴中间出现空洞,可以将图片空洞填补:操作如下:
    Process > Binary > Make Binary
    Process > Binary > Fill holes

  2. 重叠脂肪滴在计算时候,形成一个整体,造成计算错误。
    Process > Binary > Watershed

参考资料:
巧用Image J计算细胞大小
ImageJ图像加标尺scalebar并用标尺校正图片尺寸测量细胞大小
Image J入门教程,细胞面积计算

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