ImageJ测定脂肪滴大小

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一、图像预处理：

选择Image > Type，转化为8-bit;

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此时图片偏暗，对图像做适度的调整，Adjust > Brightness/Contrast

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二、测定脂肪滴大小

思路：

1. 标尺校正：
选择划线工具，在图片上画出与标尺长度相同的线段（按住shift拉出直线），
然后选择 Analyze > Set scale；

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Distance in pixels：线段在图中的测定值
know distance:已知的长度
unit of length:单位设置
Global：如果选择则可以在多张图片之间保持一致；

添加标尺：
自动添加：Analysis > Tools > Scale Bar
width in bar：设置标尺的长度
可以填写字的大小、宽度、颜色、位置等，
手动添加：选择直线工具，划线，Analysis > Tool > Scale Bar

2. 图像阈值：
依次选择Image > Adjust >Threshold，
在调出的窗口栏调节滑块，使得细胞的边界明晰以便于机器识别，最后点击Apply；

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此时看到，许多脂肪第粘连一在一起，而机器无法识别，可以
Process > Binary > Watershed

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3. 不规则形态的测定：
依次选择Analyze > Tools > ROI Manger
A. 对于独立的单个脂肪滴，选择魔棒工具选中后，单击Add[t]选中区域；如下图：

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B. 对于被遮盖住的脂肪滴，可以选择圆形工具，画出相应大小的圆后，操作如上：

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当选中所有的图形后，单击ROI Manger中的Measure，弹出计算结果。

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3. 规则形态的测定：
如果图片脂肪滴无重叠，则可以使用软件内置参数自动计数；
图像预处理等操作同上，然后依次单击Analyze > Particles

Size（um^2）:形状大小范围设定。计算前应粗略估计细胞的大小范围，排除非细胞的形态。具体操作为选择多边形工具，画出最大细胞的轮廓，然后单击Analyze > Measure，记下弹出菜单显示细胞的面积值,统计记下最小面积值；
Show: 选择outlines可以标记出形状轮廓；

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其他可选操作：

1. 拍照转化为灰度后脂肪滴中间出现空洞，可以将图片空洞填补：操作如下:
   Process > Binary > Make Binary
   Process > Binary > Fill holes

2. 重叠脂肪滴在计算时候，形成一个整体，造成计算错误。
   Process > Binary > Watershed

参考资料：
巧用Image J计算细胞大小
ImageJ图像加标尺scalebar并用标尺校正图片尺寸测量细胞大小
Image J入门教程，细胞面积计算