重磅更新！Rserver 插件 for TBtools

写在前面

知道我的朋友，相信都有了解，元旦假期某晚凌晨，我突发起来，折腾了一个困扰我很久很久的问题，并解决了他。
2015年，TBtools 开发之前，我写过一个 Blast3GO，主要用于 GO 注释，富集分析以及可视化。Blast3GO 实现的这些功能，基本都是调用环境中的 R，于是存在四大问题：

1. 依赖用户环境中的 R语言，换句话说，要求用户自己安装 R
2. 存在破坏用户原有 R 语言环境的可能
3. 无法实现绝对的版本控制，以至于无法保证用户体验
4. 确实不稳定....

这些经历，使得我在开发 TBtools 之后，追求绝对纯粹的 Java 实现。于是 TBtools 得以获得某种程度的 便携，简单，简洁，高效。为了解决可视化问题，我自己从零实现了一个绘图引擎，也就是大伙知道的 JIGplot，并一直坚持优化。所以，我一直不想去打包任何可以不打包的软件，更希望自己实现。
然而，几年过去了，我越来发现，每个人的时间，精力是绝对有限的。我可以自己写很多功能，却无法做到绝对的全面，比如转录组数据分析中的差异表达分析。我们几乎可以下个结论，几乎全部差异表达分析软件，都是 R 包（尽管大伙还是知道有 gfold 的）。于是，我只有两个选择：

1. 自己写，这个不可能，也没有意义，毕竟这个轮子造起来也不一定能得到认可，他不比可视化
2. 打包 R，windows下很简单，但是 macOS 呢？TBtools 至少有 10% 的用户是 MacOS 用户

我希望的是 TBtools 继续保持他的跨平台，所以所有功能都是至少支持 windows + MacOS。可以说，元旦假期，我所有抽得出来的时间，加上我在过去一两年，尝试失败，再尝试再失败，还尝试还失败，继续尝试，继续失败的数次，得到的就是一个简单的东西。TBtools 的新插件“Rserver”。

插曲 - 更新 TBtools 版本

11月底，去版纳植物园做了一场 TBtools 培训，培训期间发现，TBtools 的插件安装存在两个优化的点：

1. MacOS 的插件选择界面，拖拽面板还是遮挡了文件选择面板，这块之前在邵扬的提醒和帮助下，原本是修复的，只是....代码忘记启动。改动前

   
   

2. TBtools 插件分为两类：小插件，无依赖，仅.jar文件。对于小插件，除非用户确实没事做，回去解压出来（尽管也没啥用），否则都是顺利安装；大插件，有依赖，于是我一般打包成.zip文件，然而还是存在不少人习惯性解压缩，最后导致插件没有完整安装。这不是好事。但可以理解，毕竟，任何人看到压缩包（尤其是图标对应上了）的第一反应是解压缩。改动前，
   

   
   针对这两点，我做了优化。首先是 MacOS 的插件安装面板代码生效；
   
   其次是进一步支持了难以被自动识别的文件后缀.plugin....这样我相信就不会被解压缩了...
   

Rserver 插件的安装

目前这个插件已经释放到所有 TBtools 使用交流群（1-7，Emmm，数了一下，又回复到之前的状态，不过现在大伙都实名了，我相信应该好得多）。直接在群共享下载最新版本的 TBtools_JRE1.6.jar，这个 jar。更新到 TBtools v1.074。当然，如果你不更新，那就记得下载 Rserver.zip，反正主程序跟插件耦合程度极低。
OK，拿到这个插件。就可以安装。首先打开 TBtools

找到插件安装位置，点击Install Plugin

拖拽放置，或直接文本选择摁钮选择之后，点击打开，稍等一会即可（插件较大，大概180+Mb，Windows 和 MacOS 用户通用一个插件！）。

插件的使用

Rserver 插件，我原本想做的只是一个差异表达分析插件，但从插件的体积来看，这样并不合适。毕竟以后任何人愿意贡献出 R语言 脚本的，都可以制备成 TBtools 插件并分发。于是，我调整计划，直接将 Rserver 插件作为一个将会被其他所有 R脚本 插件所依赖的插件来开发。完美。这样我只需要细调测试插件即可（注意到，尽管我们有1w+人的社群，但我只召集到不超过20个 MacOS 用户帮忙测试；windows不用）。
使用插件非常简单，首先是打开插件

设置一个输出目录，其他均不设置，这样会启动 Rserver 插件的测试脚本。

如此，点击Start之后，输出目录会生成一个Rplot.pdf文件。稍微知道 R 使用的人就会清楚。只要没设置绘图文件路径，同时又在命令行运行，那么 R 会直接保存一个文件到 Rplot.pdf。打开这个文件，即可看到

当然，加入你填入了一段 R 脚本，比如

https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust

网页上的这段代码（邵扬提到的）...

输出结果如下

当然，你可以检测和安装一个R包（比如大家都爱的ggplot2）
image.png
于是你会得到

关于拓展

我们完全可以预见这个插件将会带来的功能绝对拓展：

1. 只要一个 TBtools 用户能跑的 R码，换另一个 TBtools 用户，一样能跑，因为平台完全固定
2. 对于 R脚本来说，绝大多数用户进行修改的，往往只是输入输出文件，这点完全可以通过 TBtools 快速打一个 GUI 界面（）
3. Rserver 插件也直接支持用户原始的 R脚本代码，换句话说，可以写 R包依赖检测与安装，可以直接在代码中设置输入输出文件或目录.... 甚至可以.....

写在后面

昨晚我陪吴老师看了一场电影。这是两年来我们第一次能抽出时间看的一场完整的电影（尽管票价不低，35一张）。卡通电影还不错，最近似乎有点火的，《心灵奇旅》。从我的角度来看，这部电影传达一个理念或许就是：享受生活，活在当下。
当然，这并不太准确。我们讨论了一会，多少让我想起了我似乎从小学就开始在思考的问题。即，

活着，为了什么？当然沈从文在《我与地坛》给出了一个不错的答案死是一件不必急于求成的事。
这段时间一直在路上，或许人生就是在路上。

《心灵奇旅》一条主线，演绎了两类人：

1. 人生中只有目标
2. 人生中毫无目标

当然，什么才是人生目标？就不剧透了，大伙感兴趣的可以看看。
回到主题。
关于 TBtools 的开发，尽管我一直有源源不断的新的开发想法，但如果说我马上进入工作，无法在其上投入过多。那么我会留下的只有两个遗憾：

1. 我希望能提供一个可能，TBtools 用户能够在相互分享 TBtools 相关的内容，以前我想过是卡通热图，后来...总之一直想一直失败，但现在，我想 Rserver 插件马上会提供这个可能。
2. 我写过 EasyGUI 或 AutoGUI，这两个实现和想法，我一直没有放下，然而他们似乎并无用武之地 。但现在不会了，我相信很快，这些想法也会用上。

有时候，或许从技术层面来说，你学过的想过的每一个点，都可能不会是白费功夫。