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对于预测到的novel miRNA,也就是新的miRNA, 我们会想要知道其二级结构。对于RNA的二级结构，最直观的肯定是用图片表示，示意如下
上图表示的是一个miRNA前体，即pri-miRNA, 有一个典型的茎环结构，除此之外，其他的碱基都是互补配对的。
图片对于分析人员是特别直观的，但是对于软件而言，就无法识别了。为了让程序识别RNA二级结构，专门开发出了一种表示方式，用点号和括号这两种符号来表示对应的二级结构。
该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思想是利用配对的括号来表示碱基的互补配对，用连续的点号来表示茎环结构，对于下图所示的二级结构
对应的表达式如下
(((..((((...)))).)))从第一个黑色圆点对应的碱基开始，一开始是3个配对碱基，所以先用3个(表示，接下来是茎环结构中未配对的两个碱基，用2个.表示，然后是4个配对碱基，再然后是未配对的3个碱基，再往后的配对碱基与前面左括号(表示的碱基相配对，所以用右括号)表示。
这种表示方式只采用了两种符号，而且都是计算机可以识别的符号，所以软件也可以识别，在很多软件和数据库中，给出的二级结构都会用这种方式来表示。
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