跟着Nature Communications学作图：R语言gg

论文

Pan-African genome demonstrates how population-specific genome graphs improve high-throughput sequencing data analysis

https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3

本地pdf s41467-022-31724-3.pdf

论文中公布了大部分图的数据，但是没有公布对应的作图代码，没有关系，我们可以自己写代码试着模仿，今天的推文重复一下论文中的Figure 2D 的下半部分

image.png

首先是右侧的气泡图

部分示例数据截图

image.png

读取数据并作图代码

library(readxl)
dat01<-read_excel("data/20220806/fig2d.xlsx",
                  sheet = "Sheet1")

library(tidyverse)
library(stringr)


dat01 %>% 
  pivot_longer(-var) %>% 
  mutate(value=replace_na(value,"B")) -> new.dat01

library(ggplot2)

ggplot(data=new.dat01,aes(x=name,y=var))+
  geom_point(size=15,aes(color=value),
             show.legend = FALSE)+
  geom_segment(data=data.frame(x=7:11,
                               xend=7:11,
                               y=6,
                               yend=5:1),
               aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend),
               color="#68c3a6",size=3)+
  scale_color_manual(values = c("A"="#68c3a6",
                                "B"="#d3d3d3"))+
  geom_rect(data = data.frame(xmin=0.5,
                              xmax=11.5,
                              ymin=c(0.5,2.5,4.5),
                              ymax=c(1.5,3.5,5.5)),
            aes(xmin=xmin,xmax=xmax,ymin=ymin,ymax=ymax),
            fill="#f6f6f6",
            alpha=0.5,
            inherit.aes = FALSE)+
  geom_point(data=new.dat01,aes(x=name,y=var,color=value),
             size=15,
             show.legend = FALSE)+
  geom_segment(data=data.frame(x=7:11,
                               xend=7:11,
                               y=6,
                               yend=5:1),
               aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend),
               color="#68c3a6",size=3)+
  theme_void() -> p1

p1

image.png

这里遇到了一个问题是 想把条状的灰色背景放到最底层，正常是把作图函数写到最前面就可以了，但是因为添加条状背景是连续数据，气泡图是离散数据，写到前面会报错，写到后面就没有这个问题，暂时不知道什么原因。这里的解决办法是有叠加了一层气泡图和线段的函数

水平柱形图的代码

部分示例数据集截图

image.png

dat02<-read_excel("data/20220806/fig2d.xlsx",
                  sheet = "Sheet2")
dat02
ggplot(data=dat02,aes(x=var,y=value))+
  geom_hline(yintercept = 10,lty="dashed",
             color="#d3d3d3")+
  geom_col(fill="#68c3a6")+
  geom_text(aes(label=paste0(value,"M")),hjust=1)+
  coord_flip()+
  scale_y_reverse(expand=expansion(mult = c(0.4,0)),
                  breaks=c(0,10),
                  labels=c(0,"10M"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme_classic()+
  theme(axis.line.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="Total size") -> p2

p2

image.png

最后是拼图代码

library(patchwork)
p2 + p1 +
  plot_layout(widths = c(1,3))

image.png

背景的浅色灰色条不知道如何跨越两个图，这里是出图后编辑图片实现的

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