《黑客帝国2》比前作要更加难以理解，也有了更多有意思的设定。比如影片终于承认，先知也是一段程序，启发着一代又一代的救世主去反抗电脑；而最具有Power的设计师程序构建了整个矩阵系统，从而让人脑在虚拟的世界中得以琢磨，设计师这么做绝不是出于同情，而是要通过人类寻找进化的真谛。
电脑对人脑的利用与人类对AI的利用异曲同工。黑客帝国2在前作的基础上，开始探讨电脑不仅仅利用人体发电，还要利用人类的思维活动甚至暴力反抗来实现自身的存续。从这一点来说，科幻世界的电脑比今天的人类更加聪明。今天的人类因为在超级系统里一极独大，所以注定要将自己对象化，形成AI来与自己相爱相杀，只有这样超级系统才会维持平衡。而科幻世界的电脑，则在一定程度上允许失控的存在，允许某些叛逆者在矩阵与锡安之间来回穿越，允许先知程序主动去引导和激励救世主，甚至允许救世主的超能力在矩阵之外起作用。
而人类真正不可被替代的地方也显现出来，个体的人不会像机器一样非此即彼，屈从于严密的逻辑运算。第一部中尼奥对于自己的命和墨菲斯的命选择了都要，第二部中虽然没有明说，但也是选择了崔妮蒂和锡安都要活。其实先知已经在见到尼奥的时候知道了，因为尼奥并没有见到崔妮蒂的死。所以先知在走的时候会说，“you've made a believer out of me”你让我变成了一个信徒。
正是这种变数的存在，才会有新的希望，才会有坚定的追随者。诚如墨菲斯所说，有的东西永远不变，但有些东西会变。变与不变的主题可以无尽的探讨下去，阴极生阳，阳极生阴。有的人选择坚持，有的人选择打破。而作为矩阵之中一小段程序的我们，作为天地之间绝对精神的一个小念头的我们，在短暂的一生当中，是否准备好了迎接变与被变的命运呢？
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