伴随着医学的发展，人们逐渐注意到，在人类的肠道存在着大量微生物。这些以细菌为主的微生物种类极多，而有人说，我们人类并不应该被称为人类，而应被称作细菌。如此庞大的细菌群体驻扎在肠道内，构成了一个极为复杂的集体。这个集体，就被称作——肠道菌群。
正常状态下的肠道菌群对肠道自身具有调节和营养作用。而有报道显示，肠道菌群的存在，尤其是其产生的短链脂肪酸的营养作用，可以使得肠道上皮细胞的生长更为活跃。肠道菌群产生的类胡萝卜素类物质可一定程度上降低动脉粥样硬化和中风的风险。
相互制约的肠道菌群
肠道内如此之多的细菌，并非杂乱无序的驻扎在肠道内，他们根据其在肠道内不同的生理功能被分为三大类：共生菌、条件致病菌和病原菌。
共生菌，和我们人体是互利共生的关系，这些细菌则为人体产生有益的物质和保护人类健康。
而条件致病菌数量其实很少，他们就像吃瓜群众、墙头草一样。在正常条件下，由于大量共生菌的存在，这些“看客”并不容易繁殖开来造成危害。但若在一定条件下任由它们繁殖，那么就会对机体产生不良影响，也可能是压死人的最后一根稻草。
肠道内的还有那么一小撮分子，它们在一般不常驻在肠道内。但是若不慎摄入，则有可能在肠道内大量繁殖，然后兴风作浪，导致疾病。这些就是致病菌。
当共生菌占据了肠道菌群的主导地位，这三大类菌群相互依存、相互制约，正常菌群与宿主之间，正常菌群、宿主与环境之间，始终处于动态平衡状态中。这时对身体有益无害，不会对人体致病。
病原菌增多的原因
长期没有食用膳食纤维食物会导致细菌异位，食物纤维能维持肠道菌群正常生态平衡，对保存肠的结构和功能有好的效果。
随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双尾菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制，老年人如能维持年青时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。
肠道菌丛在许多药物的代谢中起重要作用，抗生素都可导致结肠菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。
肠道菌群紊乱的危害
肠道菌群失衡可能是造成肥胖、糖尿病等多种多种代谢异常的重要原因之一。造成代谢异常的主要原因，是失衡的肠道菌群产生的脂多糖等内毒素进入人体，被免疫细胞识别后产生多种炎症因子，使得机体进入低度炎症状态，从而产生代谢异常。
例如，若长期进食高脂、高糖食物，可造成肠道菌群中条件致病菌比例增加，而共生菌比例下降，从而使得食物中摄取的能量更容易转化为脂肪累积于皮下，造成肥胖。此外，低度炎症还能促使机体对胰岛素相应程度下降，造成胰岛素抵抗，进而发展为糖尿病。
如何平衡肠道菌群
大家都知道益生菌是对肠道健康有帮助的一种东西。但鲜少有人知道跟益生菌很相似的益生元是什么。
益生元是一种膳食补充剂，即益生菌的粮食，为肠道内的有益菌补充粮食，让有益菌能够对抗有害菌，平衡肠道菌群。一般来说益生元有几个特点：：益生元成分必须完好达到大肠，也就是说不能被人体消化吸收；它不仅需要能被“好细菌”代谢利用，还得不能被“坏细菌”利用；好细菌代谢利用之后，必须为人体带来明确的好处。
而建议补充佰利通益生元而非益生菌，是因为益生菌难以安全的到达肠道，它在消化过程中很可能会被其他物质分解，而不能在肠道内起到作用。而益生元的存活率远远高于益生菌。
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