黄元御“有奇才，世推为国器”。但30岁那年，因患眼疾，庸医滥用寒凉药物，导致左目失明，这就断送了他的仕途上的锦绣前程，于是转而学医。而且，由于吃了太多寒凉药，他的中土阳气遭受严重损害，黄元御的体质变得很差，实际上，黄元御一生醉心于医学研究和著述，中土正气一直没有恢复，所以53岁就去世了。
黄元御有个堂哥是大夫，得知堂弟要学医，就告诉他先学习张仲景的《伤寒杂病论》。古代经学与医学相通，所以黄元御上手很快，但总觉得各家的注释往往望文生义或者辞不达意，所以反复钻研，终于在三年后的一个早上，突然恍然大悟了，黄元御自谓“三年忧思，一朝而解” ，据说是头天晚上医圣托梦给他了，这当然可以增加一点传奇色彩，其实是他一直在思考，到了某个点上，悟到了中医的要领，把所学的知识贯通了起来。
33 岁，黄元御读通《伤寒杂病论》，自觉小有所成。
《伤寒杂病论》主要讲临床诊治，读通《伤寒杂病论》是知其然，黄元御进一步欲知其所以然，于是开始学习《黄帝内经》和《难经》，一读又是3年，然后他写了第一本著作《素灵微蕴》，这本书并没有被社会认可，但黄元御的跋文却名《杝元（赋）》，表示自己是要探寻中医的根源。杝（chi），顺着木纹剖析，《诗经·小雅·小弁》：“伐木掎矣，析薪扡矣。”扡通“杝”。毛传注：“析薪者随其理。”。元，指天地万物的本原。从中可以看出，黄元御的志向是很高的，也很自信自负。
36岁，黄元御出了第一本医学著作《素灵微蕴》。
随后，黄元御开始游历江南各地，在实践中体悟医学经典的真义，8年以后，黄元御开始动笔著述《伤寒悬解》。
《伤寒悬解》二十几万字，三月而竟!所以黄元御在《伤寒悬解》序言中说：“十年忧思，三月而定。”。同年，黄元御还完成了《金匮悬解》的写作。
悬解，很独特的见解，就是去除悬而未决的疑问，道出事物的本质，可见黄元御初心不改。
44岁，黄元御著成《伤寒悬解》和《金匮悬解》。
黄元御虽然写成《伤寒悬解》和《金匮悬解》，完成了对《伤寒论》、《金匮要略》的系统注解，仍然觉得没有把自己对中医本原的体悟表达出来，于是45岁的时候，便动笔写作《四圣心源》。
又是三年，《四圣心源》基本完稿，但他觉得还是缺少一个对医学本原的精练概述，于是又写了一卷《天人解》，并把它作为《四圣心源》第一卷。
48岁，黄元御完成了他一生中最重要的著作《四圣心源》。
《素灵微蕴》是黄元御对中医本原的初步体会；《伤寒悬解》和《金匮悬解》是通过注解医学经典，阐述自己对医学本原的见解；而《四圣心源》是黄元御根据自己的研究和实践，提出了自己对医学本原的独到见解。
黄元御的医学著作还有《长沙药解》（1753年）、《四圣悬枢》（1753年）、《玉楸药解》（1754）、《素问悬解》（1755） 、《灵枢悬解》（1756） 、《难经悬解》（1756年） 等，另外黄元御还著有《道德悬解》、《周易悬解》等著作，有些是他的学生代笔的，这些著作或有求全之嫌。
因此，《四圣心源》是黄元御医学著作中最经典的，它的的核心理论是，土输四象，一气周流。《内经》“正气存内，邪不可干” 是其理论基础。正气即人体的本气，人体一气以脾土中气为枢纽，左升右降，周流不止，是为一气周流。
《四圣心源》讲病、论病、治病都是从正气出发，论述邪气比较少，所以其诊断和用药反对苦寒，偏于温阳学派。但实际上黄元御既不推崇温阳学派，也不推崇温病学派的苦寒伤阳，而是注重运转中土，流通一气。人体的一气有升有降，所以治病既有温通的药，也有凉降的药，滋阴助阳并重。这才是黄元御医学思想的本质。
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