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linux:qctool(v2.0.7)源码下载

linux:qctool(v2.0.7)源码下载

作者: 五四四123456789 | 来源:发表于2021-07-07 16:42 被阅读0次

    下载方式:源码下载

    下载版本2.0.7

    1、下载网址:QCTOOL v2 (ox.ac.uk)  (我目前下载的东西不多,关于怎么获得下载地址,就是wget后面跟着的那串网址,我得到的微薄经验是去软件的官网找,或者搜“软件名+github”)

    我选择的release,命令:wget +网址

    2、下载后解压,按理说.tgz文件应该是用tar命令解压,但是会报错如下:(谷歌上直接搜报错信息,会有解释)

    于是用的unzip命令解压:unzip xxx.tgz (也可以加上-d指定解压后目录,否则默认在当前目录)

    3、解压的时候屏幕上print了很多东西,不要担心。解压后编译

    编译过程中屏幕上也会print一堆东西,而且我编译结束后还有如图内容,吓得我以为失败了:

    4、然后 cd build  —— cd release,cd后内容如下:

    检验:全路径/qctool_v2.0.7 -help 可以使用,安装成功~

    PS:qctool -g xxx.vcf -ofiletype bimbam_dosage -og xxx.txt  (可以把vcf文件转成BIMBAM文件,刚刚试了下成功啦哈哈哈,具体参数说明在-help里都有,如果qctool的版本不对,可能会有报错,命令来源:How convert .vcf file into BIMBAM mean genotype file? · Issue #103 · genetics-statistics/GEMMA (github.com))(关于BIMBAM文件每列含义的说明:DPR_UserManual.pdf (xzlab.org)

    其实我本来不想源码下载,但是用conda下载报错,具体报错信息见下图:

    按照网上的方法,尝试更新conda,还是没有下载成功。

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