R语言ggplot2作图配色相关R包

R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择，可以参考如下链接
https://r-charts.com/color-palettes/

image.png image.png image.png

这里分别提供了连续型数据和离散型数据的配色，应该能够满足我们日常的科研作图需求了。

这里提到的R包有

• help(package="ggthemes")
• help(package="grDevices")
• help(package="viridis")
• help(package="colorBlindness")
• help(package="dichromat")
• help(package="ggsci")
• help(package="RColorBrewer")
• help(package="tidyquant")
• help(package="tvthemes")
• help(package="vapoRwave")
• help(package="wesanderson")
• help(package="cartography")
• help(package="ggthemes_solarized")

其中有一个R包的名字是colorBlindness，提供了一些色盲患者也能够分辨的安全配色

通过函数help(package="colorBlindness")查看帮助文档，发现还有好多提供色盲患者也能识别的配色的R包

image.png

推文开头提到的链接中的颜色如果在ggplot2作图的时候想要使用的话需要安装R包paletteer，需要用到的函数是scale_color_paletteer_d()或者scale_fill_paletteer_c()

以下用一个热图做示例

参考链接 https://www.r-graph-gallery.com/79-levelplot-with-ggplot2.html

library(ggplot2)

# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, 0, 5)

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
  geom_tile()

image.png

这里用到的fill填充颜色，连续型数值映射颜色，所以自定义的配色是用函数scale_fill_paletteer_c()

library(ggplot2)
library(paletteer)


# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, 0, 5)

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
  geom_tile()+
  scale_fill_paletteer_c(palette="grDevices::PRGn")

image.png image.png

欢迎大家关注我的公众号

小明的数据分析笔记本

小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！