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R语言配色方案04-ggsci专为paper配色而生

R语言配色方案04-ggsci专为paper配色而生

作者: 医科研 | 来源:发表于2019-07-18 09:36 被阅读28次

    作者:白介素2
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    ggsci专为paper配色而生

    ggsci提供一系列高品质调色板,灵感来自科学期刊,数据可视化库,科幻电影和电视节目中使用的颜色。 ggsci中的调色板可用作ggplot2调色。对于所有调色板,相应的命名为:
    scale_color_palname()
    scale_fill_palname()
    简单讲就包括了各个杂志的配色风格,整理成了R包,免去了自行配色时的尴尬审美
    比如说里面就包括Lancet, NEJM,JAMA,JCO等顶级杂志的配色风格,发不了Paper,
    学学配色也是不错的

    配色使用示例

    Sys.setlocale('LC_ALL','C')
    ## [1] "C"
    library("ggsci")
    library("ggplot2")
    library("gridExtra")
    data("diamonds")
    head(diamonds)
    ## # A tibble: 6 x 10
    ##   carat cut       color clarity depth table price     x     y     z
    ##   <dbl> <ord>     <ord> <ord>   <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
    ## 1 0.23  Ideal     E     SI2      61.5    55   326  3.95  3.98  2.43
    ## 2 0.21  Premium   E     SI1      59.8    61   326  3.89  3.84  2.31
    ## 3 0.23  Good      E     VS1      56.9    65   327  4.05  4.07  2.31
    ## 4 0.290 Premium   I     VS2      62.4    58   334  4.2   4.23  2.63
    ## 5 0.31  Good      J     SI2      63.3    58   335  4.34  4.35  2.75
    ## 6 0.24  Very Good J     VVS2     62.8    57   336  3.94  3.96  2.48
    dim(diamonds)
    ## [1] 53940    10
    p1 = ggplot(subset(diamonds, carat >= 2.2),
           aes(x = table, y = price, colour = cut)) +
      geom_point(alpha = 0.7) +
      geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +
      theme_bw()
    p1
    
    image.png
    p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70),
           aes(x = depth, fill = cut)) +
      geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +
      theme_bw()
    p2
    
    image.png

    NPG配色

    自动配色,接触直男配色的烦恼
    配色方案为sacle_color_xx杂志名,或者scale_fill_xx杂志名
    注意杂志名并不是所有的,而是该包含有的一部分配色内容

    p1_npg = p1 + scale_color_npg()
    p2_npg = p2 + scale_fill_npg()
    grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol = 2)##grid组图
    
    
    image.png

    著名的新英格兰医学杂志配色

    p1_nejm = p1 + scale_color_nejm()
    p2_nejm = p2 + scale_fill_nejm()
    grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol = 2)
    
    image.png

    著名的柳叶刀杂志配色

    scale_color_lancet()
    scale_fill_lancet

    p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()
    p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()
    grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)
    
    image.png

    JAMA配色

    scale_color_jama函数
    scale_color_jama函数

    p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()
    p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()
    grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)
    
    
    image.png

    如果是对于非ggplot2系统的图形想使用配色,也可调用

    首先pal_xx杂志名函数得到颜色代码
    然后scales包俩展现函数
    做个NEJM配色的展示,可以先问号下?pal_xx函数

    nejm<-pal_nejm("default",alpha = 1)(8)##(9表示呈现多少个颜色)
    nejm
    scales::show_col(nejm)
    
    image.png

    熟悉的boxplot展示

    可能官方给的图形太复杂,我们来创建一个大家熟悉的图

    library(dplyr)
    head(diamonds)
    p<-diamonds %>% ggplot()+
         aes(x=cut,y=price,fill=cut) +
         geom_boxplot()
    p
    
    
    image.png

    简单快捷,无需动脑,因为填充会比较明显,我们选择填充配色

    试试lancet配色

    p+scale_fill_lancet()
    
    image.png

    NEJM配色

    p+scale_fill_nejm()
    
    image.png

    这样的高级配色,你值得拥有!

    本期内容就到这里,我是白介素2,下期再见
    参考资料:ggsci官方文档

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