如何获取测序数据的average insert size

在学习用SOAPdenovo2组装基因组的过程中，发现配置文件需要填average insert size这一项。建库过程我是没有参与的，所以就不知道insert size到底多大（以后这种情况尽量避免，毕竟建库是很重要的）。搜了搜谷歌，找到了答案，作者以BBMap为例介绍了三种基本方法，适用于不同的情景——Average Insert Size

• 基于比对，需要参考基因组；
• 基于重叠，read1 + read2 > insert；
• 基于组装，需要足够的测序深度和内存来组装基因组。

我的重测序数据应该用第一种方法，如果是基于比对，那其他的软件应该也可以，有没有呢？先留一个问题。

下载安装

$ wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.26.tar.gz
#最近一次更新是2018年9月，作者真勤劳。
$ tar zxvf BBMap_38.26.tar.gz
$ cd ./bbmap
$ ls

太多了吧

$ ./../bbmap.sh in1=/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_assemble/data/chr1_R1.fq \
 in2=/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_assemble/data/chr1_R2.fq \
 ref=./chr1.fa ihist=ihist.txt reads=2m pairlen=1000 threads=4
#运行了近三个小时才得到了ihist.txt文件，感觉比对有些慢

平均数，中位数等等以及insert size的频数分布
insert size的频数分布

所以平均insert size就取354左右吧！