Vegan 是专门用于群落生态学数据分析的R语言程序包（Package），由芬兰Oulu大学生物系Oksanen等9位数量生态学者编写并贡献给R使用者无偿使用。Vegan包提供各种群落生态学分析工具，包括常用的排序方法(PCA,CA,DCA,RDA,CCA 和 NMDS)，同时也包括这些方法偏分析版本(Partial methods)。现在升级了的Vegan包几乎包罗了所有群落和植被分析中的一般应用方法，其中大部分多元分析工具也可以用于其他领域的数据分析。
实际使用时，我们往往将其纳入到我们的生物信息pipeline中，如果是跑别人的pipeline的话，可以需要解决一些依赖关系。由于很多是在公共平台上安装软件，账号并不具备系统用户的管理员权限，因此大多以conda的方式来安装。
vegan这个包，我们不能以通常的方式安装。笔主在安装时也是踩坑无数，现在还一脚泥。
我最开始看到这个R包，首先想到的是：
install.packets("vegan")
但是，报了一个错误
image.png
通常，install.packets无法安装的，会使用biocManager.install("")
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/openssl-1.1.1k-h7f98852_0.tar.bz2>
Elapsed: -
An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
Warning message:
In install.packages("vegan") :
installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
直到崩溃边缘，去vegan的官方网站上瞅瞅：
image.png
conda install -c conda-forge r-vegan #四选一即可
conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-vegan
conda install -c conda-forge/label/cf201901 r-vegan
conda install -c conda-forge/label/cf202003 r-vegan
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