for id in $(ls *.fq1.gz | sed "s/.fq1.gz//"); do minimap2 -t 56 -N 50 -ax sr ../Host_filter/BAPLgenome.mmi $id.fq1.gz $id.fq2.gz | samtools view | awk '{if ($12~/NM:i:/) {split($12,a,":"); if(a[3]>=15) print $1} else print $1}' >$id.lis; sort $id.lis | uniq >$id.nr.lis; seqtk subseq $id.fq1.gz $id.nr.lis >$id.filtered.fq1; seqtk subseq $id.fq2.gz $id.nr.lis >$id.filtered.fq2; gzip $id.filtered.fq1; gzip $id.filtered.fq2; done
宏基因组测序分析过程中经常要去除宿主污染，比较好用的是soap，它要求输入双端测序文件，然而它输出合并了的双端文件...
查看帮助文档 bmtagger.sh -h 原始数据去宿主 去除人类宿主序列 最会生成{sample}_1.fas...
对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,...
最近做有关小鼠肠道微生物宏基因组，遇到两个问题，一是数据量太大，二是宿主污染严重。 估计宿主污染至少80%左右，因...
质粒提取是指去除 RNA，将质粒与细菌基因组 DNA分开，去除蛋白质及其它杂质，以得到相对纯净的质粒。 目录 一、...
如果没有该基因组细胞器序列，需要先组装细胞器序列，再比对去除 如果有了该基因组的细胞器基因组（如公开数据库可获取）...
quickmerge是一个用来去除基因组组装中的重复的软件。 该软件没有单独的文章，是作为某个基因组组装中的衍生脚...
该工具主要用于去除基因组重复的序列。 详情请查看githup [https://githup.com/lardo/...
相信很多小伙伴都听过肿瘤突变负荷（tumor mutation burden, TMB），它是指肿瘤基因组去除胚系...
TMB (Tumor mutation burden)的定义：癌症样本全基因组中去除胚系DNA变异后体细胞突变数目...
本文标题：去除宿主基因组
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