起因：
玛姬姑妈嘲讽哈利的父母，哈利忍无可忍朝她用了魔法，她变身大气球，飞上天空。
哈利心知闯祸，逃走时看到一只疑似狗的黑色大家伙。
骑士公共汽车接到了哈利，带他离开。
承：
在对角巷，哈利罗恩赫敏一起买东西，赫敏买了一只大黄猫克鲁克山。
晚餐后，哈利听到韦斯莱夫人说，小天狼星布莱克从阿兹卡班越狱，也许会去找哈利，为伏地魔杀了他。
在去往霍格沃兹的火车上，摄魂怪出现，哈利无法抵御它的魔力，当场失去意识，幸好卢平教授救了他。
海格成为大家的神奇动物课老师，他介绍鹰头马身有翼兽给学生们，谁知马尔福对它出言不逊，惹恼了它，鹰头马身有翼兽咬伤马尔福。
马尔福一家借题发挥，想开除海格并杀死鹰头马身有翼兽。
赫敏的大黄猫克鲁克山，对罗恩的宠物老鼠斑斑虎视眈眈，气坏罗恩。
魁地奇比赛开始了，是哈利所在的格兰芬多对赫奇帕奇学院，没想到比赛中摄魂怪突然出现，哈利再次受到严重干扰，从高空直坠地面。
卢平教授为此决定教授哈利应对摄魂怪的守护咒。
转：
一天夜里，小天狼星布莱克出现在哈利的宿舍，但却来到罗恩的床边，学校老师非常紧张，到处搜查。
不久后，老鼠斑斑在床单上留下一滩血后失踪，罗恩认定是大黄猫克鲁克山吃了它，因此跟赫敏绝交。
假日里，三年级学生们都去了魔法村游玩，唯独剩下哈利一个人，因为弗农姨夫不肯在表格上签字。
双胞胎兄弟给了哈利一张神奇的活点地图，上面会显示魔法学校老师的人名和位置，哈利在地图的指引下，躲开巡视的费尔奇，偷偷去了魔法村。
在酒吧里，几位教授谈论起小天狼星布莱克，原来他是哈利的教父，当年也是他出卖哈利的父母给伏地魔，而且还杀害了哈利父母的另一位朋友小矮星彼得以及几十个麻瓜，为此被关进阿兹卡班。
这一切都被穿着隐形衣的哈利听见了，他既心痛又愤怒。
转：
马尔福一家仗势欺人，逼迫学校董事和魔法部做出决定，杀死鹰头马身有翼兽，海格伤心哭泣。
哈利罗恩和赫敏担心海格受刺激，三人披着隐形衣来看他。
赫敏在泡茶时，无意中发现老鼠斑斑躲在茶罐里。
罗恩惊喜万分，把斑斑塞进口袋。
这时，校长邓布利多陪同魔法部的行刑人员来到海格的小屋。
高潮部分开始：
三人急忙逃走，在经过打人柳时，那只巨大的黑狗又出现了，它一口咬住罗恩的小腿，将他拖入打人柳下的树洞。
哈利和赫敏紧随其后，一路追到尖叫屋棚。
高潮部分展开：
原来那只大黑狗就是小天狼星布莱克。
哈利激动之下想杀了小天狼星，但布莱克却没有对哈利下毒手。
哈利和赫敏制服小天狼星时，卢平教授突然出现。
卢平教授用活点地图证明了，老鼠斑斑是小矮星彼得。
高潮转折：
此刻，斯内普也突然出现，他要抓布莱克回阿兹卡班，并认为卢平与布莱克是同谋。
他制服了卢平和布莱克。
哈利，赫敏，罗恩三人合力将斯内普击晕。
卢平借此反推，小矮星彼得才是出卖哈利父母的罪魁祸首，他是伏地魔的走狗，小天狼星是被陷害的。
小天狼星打算当即杀死小矮星彼得报仇。
哈利劝说小天狼星让彼得受法庭的审判，以证明自己的清白。
谁知押送过程中，卢平见到月亮突然变身狼人，小矮星彼得趁机逃跑。
布莱克马上去追彼得，却遭遇了摄魂怪的攻击，差点丧命。
哈利和赫敏冲过去解救他，两人最终也不敌摄魂怪，晕倒在地，哈利隐约看到有人救下他们。
高潮结束：
斯内普报告魔法部，布莱克被关押起来，并决定由摄魂怪对其执行死刑。
合：
邓布利多暗示哈利和赫敏可以逆转时空去解救小天狼星。
两人回到过去救下鹰头马身有翼兽，带它驮着小天狼星，离开霍格沃兹，重获自由。
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