美文网首页GWAS专题
今天学到的一些linux操作命令

今天学到的一些linux操作命令

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2020-11-13 23:29 被阅读0次
解压rar压缩文件
tar -xf GSE58831_RAW.tar 
批量解压gz压缩文件
for i in $(ls *.gz); do bgzip -d $i;done
cut指定分隔符分割文件

今天在一个群里看到有人提问批量更改fasta序列名称,他的fasta文件格式是

>seq1 | blabla
ATCG
>seq2 | bbbbb
ATCG

他想把序列名称竖线后面的内容都去掉,我自己想到的办法是python,识别大于号开头的行,然后用竖线分割字符串,在写到文件里就可以了,群里一位老师直接给出linux的cut命令

cat pra.fasta | cut -d "|" -f 1

简单明了

-d指定分隔符,-f指定输出分割后的第一列

还遇到了一个问题是

在linux系统下,管理员安装好的R语言,一些包都放到了指定的位置。每次在我自己的账户下想要调用这些包改如何实现,查到了一种方式是使用.libPaths()

比如R语言启动以后先输入命令

.libPaths(c("/A/B/C"))

c("/A/B/C") 是包的安装位置。这样的话可以调用,但是R退出以后再重新启动就又得重新设置。有没有办法可以一次设置,永久生效呢?因为可以使用,也没有继续找解决办法,先这样吧!

欢迎大家关注公众号
小明的数据分析笔记本

相关文章

  • 今天学到的一些linux操作命令

    解压rar压缩文件 批量解压gz压缩文件 cut指定分隔符分割文件 今天在一个群里看到有人提问批量更改fasta序...

  • 初学前端之Linux命令行基础

    初学到此,写文记录 一些概念的个人理解 linux:一种操作系统 图形界面:不用代码操作,图形化的操作界面 命令行...

  • Linux命令(二)--- vi编辑器

    上一篇文章介绍了基础的文件操作命令。 Linux命令(一)--文件操作命令 今天继续来写一写常用的linux命令。...

  • Linux运维之道(4)——Linux命令帮助

    @(Linux)[Linux命令, 帮助获取] 在我们使用Linux操作系统的时候,经常会使用一些命令,但是由于时...

  • 面试题 2021-11-01~2021-11-12

    常用的Linux命令 Linux命令 - Linux安全网 - Linux操作系统_Linux 命令_Linux教...

  • Linux

    linux awk命令详解、linux awk命令Linux常用操作指令Linux netstat命令详解 awk...

  • linux常见命令

    linux常见命令 第二天课程中学到的linux命令 第四天课程中学到的linux命令 程序退出的方法有:ctrl...

  • 2018-08-01

    今天是周三,本周我们讲的是Linux系统下一些对文件和系统的命令操作下面我就将一些命令的常用操作说一下:ubunt...

  • 08_Linux的一些基础命令

    Linux的一些常用命令 一、 Linnux的基本命令 二、 操作文件夹的命令 三、 操作文件的命令 四、 压缩与...

  • linux的简单命令操作

    Linux目录介绍:文件目录 作用 Linux简单的操作命令: Linux查看文件操作:ls命令:产看文件夹...

网友评论

    本文标题:今天学到的一些linux操作命令

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/bsqbbktx.html