超算平台 | blastp比对和提取蛋白序列

以下为Ginkgo_biloba.sh 的内容，用拟南芥蛋白序列blast银杏。

#!/bin/bash
#PKUBATCH -J At
#PKUBATCH -p cn-short
#PKUBATCH -N 1
#PKUBATCH --ntasks-per-node=8
#PKUBATCH -o new_%j.out
#PKUBATCH -e new_%j.err
#PKUBATCH --no-requeue
#SBATCH  -A leili_g1
#SBATCH  --qos=leilicns

cd /home/leili_pkuhpc/lustre1/zwg/test2
blastp -query At.fasta -db Ginkgo_biloba.HiC.protein.fasta  -outfmt 6 -seg yes -evalue 0.00001 >  At_blast_Ginkgo_biloba.out
cat At_blast_Ginkgo_biloba.out |cut -f2  >  blastp_Ginkgo_biloba_id.list
cat  Ginkgo_biloba.HiC.protein.fasta|seqkit grep -f  blastp_Ginkgo_biloba_id.list > blasted_Ginkgo_biloba_pep.fa

以下为Picea_abies.sh 的内容，用拟南芥蛋白序列blast挪威云杉。

#!/bin/bash
#PKUBATCH -J At
#PKUBATCH -p cn-short
#PKUBATCH -N 1
#PKUBATCH --ntasks-per-node=8
#PKUBATCH -o new_%j.out
#PKUBATCH -e new_%j.err
#PKUBATCH --no-requeue
#SBATCH  -A leili_g1
#SBATCH  --qos=leilicns

cd /home/leili_pkuhpc/lustre1/zwg/test2
blastp -query At.fasta -db blastdb -outfmt 6 -seg yes -evalue 0.00001 >  At_blast_Picea_abies.out
cat At_blast_Picea_abies.out |awk '{print $2}' > blastp_Picea_abies_id.list
cat Pabies1.0-all-pep.faa |seqkit grep -f  blastp_Picea_abies_id.list > blasted_Picea_abies_pep.fa