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眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!

眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-01-28 23:47 被阅读0次

    写在前面

    前两天推了一款「TBtools」新插件,主要目的是方便 PCR 引物设计,尽量从数据层面上确保我们的引物可以特异扩增我们感兴趣的片段。但引物设计只是手段和过程,我们的目的是克隆到符合预期的片段。
    回想起大一大二时,从菠萝/芒果上克隆一些基因的 CDS,拿到 Sanger 测序结果文件,总是没有非常顺手的工具。当然,很多人会选择用:

    1. DNAman,往往用的是“cracked”版本,几乎就是拿来看看.seq后缀的文件,其中只有序列信息,当然也可以比对和拼接,但这个缺乏了碱基Calling的峰值信息,很多时候,我们研究的物种可能是高度杂合,或者我们研究的位点在对应材料中杂合,这个只有一维度的序列信息,会让我们忽略不少信号。
    2. Chromas?这款软件可以查看峰值图,但似乎不能方便我们快速确定与预期序列是否有差异?如 SNP ? Indel?比如基因编辑材料的目标区域测序结果
      ...
      总而言之,有这么一个功能,我一直想要,一直没找到工具,就是想写,而且正好最近有一些师弟师妹的实验结果需要用上。
      于是,今天继续推出第二款插件“Sanger Sequencing Result Check”!

    Sanger Sequencing Result Check

    此款插件的使用极其简单,只要是做过“湿实验”或者“简单分子克隆”的朋友都会知道如何使用。



    使用起来非常简单:

    1. 提供扩增用的模板参考序列,这段一般都是已知的,尤其是做基因编辑工作,或者扩增某个基因的某个片段,如CDS,用于超表达或者其他
    2. 公司返回的 Sanger 测序结果中的 .ab1 文件

    设置好输入后,点击 Start 即可。


    插件的安装与使用

    《TBtools Cookbook》 - 写给「TBtools」所有用户的参考手册 https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i
    你想知道的,都在里面了:

    1. 软件/数据库的下载/更新
    2. 对应功能的使用说明与具体示例
    3. 常见问题 FAQ 及解决方案
    4. 如何有效提出 TBtools 使用问题从而快速获得回复并得到解决

    写在最后

    Emmm... 最近与专门做学术论文编辑/润色的机构 TopEdit (https://topeditsci.com/)有合作,对方提供了TBtools用户专属优惠码(85折),即 TBTOOLS85 。于是我计划寒假开启 TBtools 的开机广告机制,类似 WinRAR。咋说呢,可以说对于有需要的朋友,这个推荐必然是良心推荐,而且应该是力度最大的优惠,如果有更大的,那就跟我说,我再让调整成更大折扣优惠码,这个问题不大。当然大伙可以认为,这就是在恰饭,因为这确实就是在恰饭。当然有少数用户不太开心。


    但是,我确实不相信「捐赠」这一套,而且是「完全不信」。曾经有人联系过来,说要支持 TBtools 开发云云,转头就干了一些太让人受伤的事情。我们都太年轻了。回到主题,我就是要开这个推广,就这样。如果觉得难受,只要打开 TBtools,不要关掉他,不要重启他就可以了。我已经在早期版本添加了“托盘功能”,只要 X TBtools ,就可以选择放到托盘。

    插件的获取

    差点,忘了....

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