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13#genome mining#MetaMiner

13#genome mining#MetaMiner

作者: 董八七 | 来源:发表于2022-02-03 10:57 被阅读0次

    Cao L, Gurevich A, Alexander KL, et al (2019) MetaMiner: A Scalable Peptidogenomics Approach for Discovery of Ribosomal Peptide Natural Products with Blind Modifications from Microbial Communities. Cell Syst 9:600-608.e4. https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.09.004

    核糖体合成和翻译后修饰(RIPP)是一类重要的天然产物,包括抗生素和其他多种生物活性化合物。联合基因组挖掘计算质谱技术发现RIPP,只能从小数据集中发现特定类别的RIPP,无法处理未知的翻译后修饰。MetaMiner可以应对这些挑战,并兼容用于天然产物发现的大规模筛选平台。将8个基因组和宏基因组数据与全球天然产物分子网络(GNPS)中的数百万个光谱进行检索,MetaMiner从不同的微生物群落,包括人类微生物组、地衣微生物组以及从国际空间站分离的微生物,发现了31个已知和7个未知的RiPPs。


    addressing these challenges 应对这些挑战

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