解压
ls *.sra|while read id;
do
time abi-dump --gzip $id;
done
解压后为两个文件：
Fig1.PNG
Fig2.PNG
有很多比对工具不支持SOLID数据格式，查了资料有人说Bowtie可以。
下载Bowtie预索引（colorspace index），注意与fastq数据格式的不同。
ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie_indexes/
或者通过bowtie --build自建
bowtie --build -C ref.fa ref
比对
ls *.csfasta.gz|while read id;
do
bowtie -t -p 3 -f -C /media/lzx/0000678400004823/Indexs/bowtie/Mm10/m_musculus_ncbi37_c \
$id -Q ${id%%.*}_QV.qual.gz \
-S \
2>${id%%_*}.bowtie.log \
|samtools sort -@ 3 -o ${id%%_*}_bt2p.bam
done
网友评论