1.ggplot2简介

作者: BioSi | 来源:发表于2019-05-16 22:36 被阅读19次

    ggplot2是RStudio首席科学家Hadley开发用于绘图的R扩展包,ggplot2背后有一套完整的图形语法支持,与传统的纸笔绘图不同,这是一种思维上的提升。

    ggplot2图形语言的一些概念

    一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object,缩写为geom)的图形属性(aesthetic attributes,缩写为aes,包括颜色、形状、大小等)的一个映射(mapping)。
    几何对象 (geom) :点、线、条形、多边形等图形元素
    统计变换 (statistical transformation,缩写为stats) :对数据的某种汇总
    标度 (scale) :将数据的取值映射到图形空间,颜色、大小、形状等
    坐标系 (coordinate system,缩写为coord) :数据是如何映射到图形所在的平面,常见的坐标系有笛卡尔坐标系和极坐标系,笛卡尔坐标系下的条形图对应极坐标系下的饼图,条形图的高对应饼图的角度,通过ggplot2后的图形语法可以很简单地进行转换
    分面 (facet):如何将数据分解为各个子集,及如何对子集作图展示
    +:ggplot2中的特殊操作符

    ggplot2帮助系统

    作者的网页:http://hadley.nz/
    作者的github:https://github.com/hadley
    google的ggplot2讨论组:https://groups.google.com/group/ggplot2
    ggplot2的主题系统:https://github.com/wch/ggplot2/wiki/New-theme-system
    统计之都ggplot2的GitHub:https://github.com/cosname/ggplot2-translation
    ggplot2官方帮助文档:https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/
    ggplot2函数文档:https://ggplot2.tidyverse.org/reference/
    程序解答论坛:http://stackoverflow.com/
    ggplot2英文版书籍:https://github.com/hadley/ggplot2-book
    http://had.co.nz/ggplot2/
    Rstudio的参考卡片:https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

    发邮件到作者邮箱hadley@rice.edu

    图例向导函数

    guide_legend() # 排版
    guide_colorbar() # 渐变色

    ggplot2与R中其他绘图扩展包

    • 基础图形系统:纸笔模型,在最顶端绘图,不能修改或删除
    • 网格图形系统 (grid) :只能绘制基本图形,无法用于绘制统计图形
    • lattice:基于网格图形系统改进,但难以扩展,没有完整的模型支持
    • ggplot2:静态绘图系统的集大成者,无法绘制动态图形(GGobi: rggobi绘制动态图形)
    • vcd, plotix, gplots:特殊图形
    • R官网绘图包汇总:https://cran.r-project.org/web/views/Graphics.html

    ggplot2扩展包的安装

    install.packages("ggplot2")
    

    课程分享
    生信技能树全球公益巡讲
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