2019-06-15 提取align后不成对的reads

作者: njmujjc | 来源:发表于2019-06-15 11:45 被阅读0次

samtools view LTR3-2_L4_P701501.bam | perl -alne '{print if $F[6] ne "="}' > unaligned.sam

包括未比对上的和比对到不同染色体的

cut -f 3,7 unpaired.sam |sort |uniq -c

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