由此故事一开始，本书的另一个主人公汪淼所经历的匪夷所思的倒计时和宇宙为你而闪烁便有了合理的解释，原来都是这两个小小的质子搞的鬼。
那时，人类科学家相继有人去世，其中便包括叶文洁的女儿杨冬，一个天才物理学家，因绝望而自杀。
汪淼当时以为下一个便会是自己，他猜对了，下一个果然是他，因为三体人害怕他所研究的纳米材料。
汪淼在史强的开导下，开始振作起来，与三体组织名下的科学边界取得联系，认识了申玉菲，并开始玩三体游戏。
三体游戏是由三体 组织开发的一款以三体行星的历史为蓝本，结合了地球文明中的历史人物的一款游戏，玩的人多数是社会精英阶层，其中许多被三体组织网罗到自己麾下。
三体星位于距离太阳系最近的星座半人马座，这个世界有三个太阳在做无规律的运行。
三体世界分为乱纪元和恒纪元。乱纪元时间长时，三体文明便会毁灭，恒纪元时，便会从头开始发展。
三体文明轮回了二百多次。一次次覆灭一次次重生，顽强不息。
这次的三体文明发展到了一个前所未有的高度，于是伺机寻找可以进行太空移民之处，刚好收到地球发出的信号，知道了宇宙中果然有这样一直是恒纪元的星球，地球的宜居环境在三体人眼中简直就是天堂般的存在。
这部小说中也有《球状闪电》中的丁仪，他的玩世不恭少了许多，但头脑依旧十分灵活，研究方向方法出人意料，进展颇大。
汪淼研究的纳米材料在这本书中便派上了用场，便是对付地球三体组织的古筝行动。
叶文洁被捕后，发现自己原来并不了解三体文明，三体人根本不是来改造地球人，而是要灭绝地球人，但她并不是最了解三体的人，与三体联系最多的是伊文斯，资料在三体组织的大本营审判号上，审判号是一艘巨型轮船。
最后学是史强想出了用纳米材料做为武器的方法。当轮船经过由纳米材料组成了古筝时，被切割成数十块碎片。
古筝行动成功取得了三体组织与三体人联系的全部资料。揭开了三体之谜。
人类进入战争状态，一切都变得不一样了。
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