分辨率
分辨率（Resolution）是指质谱仪区分两个质量相近的离子的能力。
计算公式：R=m/∆m
计算方法有两种：
- 10％谷图：假设两个相邻的等高峰M1和M2，M2为M1+△M，它们彼此靠近到这样的程度以致相重叠的谷高度为峰高(h)的10%。
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50%峰宽(FWHM)：质量为M的峰与该峰半高度处的峰宽之比。
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分辨率越高，同一物质采集的分子量的峰的精细程度越大，准确度越高。
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但是，分辨率设置越高，扫描所需的时间越长。所以，要同时兼顾分辨率和扫描速度。
一般大规模组学数据， Thermo公司的orbitrap系列仪器，一般一级分辨率设置在70000左右，能够精确分辨小数点后两位。
准确度
准确度(accuracy)指离子测量的准确性。一般用真实值和测量值之间的误差来评价，单位ppm (part per million)。主要取决于质量分析器的性能和分辨率的设置。
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目前对于做组学的常用仪器，AB5600或Q Exactive 等质谱仪，质量分析器TOF或Orbitrap都可达到10ppm以下的误差级别。所以实际中质谱鉴定时常见的一级质量容差设置为20ppm，二级质量容差为0.1Da等，已远远大于仪器的误差。
灵敏度
灵敏度（sensitivity）是指检测器对一定样品量的信号响应值，即最少样品量的检出程度。
一般对于纯的标准物质而言，灵敏度可达到fmol级别。
但是，高的灵敏度不一定能检测到目标蛋白，一是样品本身信息量大，DDA模式中只有信号响应高的物质才能检测到；二是肽段离子化才能采集数据，离子化效率低，可能在传输过滤中过滤掉。
Orbitrap系列常规参数
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关于Mass error
ppm，即百万分之一，如果质谱检测极限在1ppm，就表示能检测含量在百万分之一的物质。
Da，指原子质量单位，如 C 就是12Da。mDa，一般在高分辨质谱仪上有这个参数，表示质谱的分辨率。
质量测量准确度
质量测量准确度是质谱定性的重要依据。其表示方法如下：
（｜Ｍ－Ｍ０｜÷ｍ）×10^6（ｐｐｍ）
式中，Ｍ为离子质量的实测值；Ｍ０为离子质量的理论值；ｍ为离子的质量数。例如，某化合物分子离子实测值为３６４．２５０４，理论值为３６４．２５０９，质量测量准确度为：｜３６４．２５０４－３６４．２５０９｜÷３６４×10^6＝１．４ｐｐｍ
有时质量测量准确度也以ｍｍｕ（毫质量单位）表示，表示式为｜Ｍ－Ｍ０｜（ｍｍｕ）
对于高分辨率质谱通常要求仪器的质量测量准确度小于１ｍｍｕ（或１０ｐｐｍ），才能满足定性分析的需要。
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