问题来源：提供有小鼠的某一miRNA，想预测其相关的lncRNA和circRNA？
首先，miRNA-circRNA的靶向预测分两种情况：
通过某一circRNA去预测相关miRNA，这一点很多自建网站就可以完成，如RegRNA2；RNAhybrid；
通过某一miRNA去预测相关circRNA，往往由于circRNA的数据库及序列不是很完善，需要自己开发流程去做。
结合以上两点，有一劳永逸的方法：通过编写简单sh脚本，实现批量预测，只需要提供相应所有miRNA和circRNA的序列即可。具体方法如下：
公司有自己的方法，主要依赖miRanda的算法。市面上主流的预测方法有三种：miRanda、Targetscan、RNAhybird。这三种方法都可以提供在线分析手段，但受限于数量和数据库收录与否；所以大部分寻求linux的批量操作，且提供序列即可运行（每种方法也都有提供脚本）
miRanda
RNAhybird
Targetscan
2. 华大开发的一种方法：qTar(https://github.com/zhuqianhua/qTar.git) , 可直接下载。在linux系统上运行，步骤如下：
1git clone https://github.com/zhuqianhua/qTar.git
2cd qTar
3make
4cd example
5sh run.sh
有linux系统和服务器的童鞋们可以试试！我想大家都没有~
今天的内容就到这里~~~，更多内容可关注公共号“YJY技能修炼”~~~
网友评论