工具及链接
fqtools： https://github.com/alastair-droop/fqtools
fastx-toolkit： http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
bio-awk： https://github.com/lh3/bioawk
fastq-tools： http://homes.cs.washington.edu/~dcjones/fastq-tools/
fast： https://github.com/tlawrence3/FAST
seqmagick： https://github.com/fhcrc/seqmagick
seq-tk： https://github.com/lh3/seqtk
BamUtil：https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil#Releases
BAMStats：http://bamstats.sourceforge.net/
RSeQC：http://rseqc.sourceforge.net
bamdst：https://github.com/shiquan/bamdst
qualimap：http://qualimap.bioinfo.cipf.es
vcflib：https://github.com/vcflib/vcflib
RTG Tools：https://github.com/RealTimeGenomics/rtg-tools
SnpSift：http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html
VCF-kit：https://github.com/AndersenLab/vcf-kit
VCF-Miner：https://github.com/Steven-N-Hart/vcf-miner
VTC：https://github.com/mebbert/VariantToolChest
VCFR：一个出来vcf文件的R包
补充
我目前主要用的是bamdst和qualimap。
bamdst部分结果：
qualimap部分结果：
RTG Tools：
SnpSift：
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